勒拿河95%以上的流水來自融雪和降雨；以冰雪融水補給為主，其餘的年流量多來自地下水。夏季的滔滔洪水，特別是暴洪，以及冬季很小的流量，為該河流域的特徵。在河流凍結到底時，可以出現河水完全斷流。春汛水位較高，夏季多洪水。河水徑流補給以冰雪融水為主，雨水次之。主要為春汛，伏汛次之。冬季流量最小。結冰期長達8個月（9月末～翌年6月初）。春汛期的流冰常阻塞河床，使河流水位上升，造成災害。該河口年平均流量為16,400立方米/秒（579,000立方呎/秒）。最大流量超過118,923立方米/秒（4,200,000立方呎/秒），最小流量低至1,104立方米/秒（39,000立方呎/秒）。年總流量接近4170億立方米（100立方哩），每年入海水量488立方千米。。在高水期間，水位平均上升9～15米（30～50呎），在下游河道，水位可達18米（60呎）。

勒拿河年平均流量17000立方米/秒（最大200000立方米/秒，最小368立方米/秒），基謙加河口附近480m/s,維季姆河 口附近1700m/s，奧廖克馬河口附近4800m/s，阿爾丹河口處6800m/s，維柳伊河口附近12100m/s。

勒拿河的4條主要支流在其補給中所佔比例分別為：維季姆河佔全年徑流量的14.5%，奧廖克馬河13%，阿爾丹河佔34.6%，維柳伊河佔12%。

入海處每年有約1200萬噸懸移質泥沙和約4100萬噸溶解物質沉澱，含沙量為0.05～0.06千克/立方米，上游大約為0.05～0.15千克/立方米，形成俄羅斯最大的三角洲，面積約3.2萬平方公里，分出150多條汊流，形成1000多個島嶼。在最短汊流的河口附近建立了季克西港。