糾正一下題主的認識：木星的的主要成分不是氦氣，而是氫氣。木星的大氣90%都是氫氣，內部也基本上是液態金屬氫。但少量其他成分也足夠把木星的外層大氣變成染缸了。我們看到的木星基本上都被大氣中的雲層所覆蓋，而且形成平行於其赤道的很多雲帶。這些翻滾的雲帶說明了木星大氣中廣泛的氣體冷凝現象（跟地球上的雲的形成類似）。

上圖：木星結構剖面。木星大部分都是液態金屬氫的海洋。頂層是貧氦分子氫大氣。

上圖：木星大氣各層成分剖面分析

成分從上到下：

氨雲層

氫硫化銨雲層

水雲層

氨冰晶層

氫硫化銨冰晶層

水冰晶層

水液滴層

分子氫層

雲帶層顏色從上到下到冰晶層為止：

紅

白

棕

藍

木星雲帶中的橙色和棕色主要是由某些化合物受熱上升引起的，這些化合物暴露於太陽紫外線下會發生色變。科學家認為這些化合可能是磷、硫或碳氫化合物。此類化合物分子中提供顏色的基團部分被稱為髮色團，實際上人眼中的色素也帶有豐富的髮色團，正因為如此我們才能看到顏色。這些顯色的化合物與溫度較高的基層雲混合在木星大氣中對流就形成五彩斑斕的彩色紋暈。

上圖：髮色團吸收或反射某些波長，形成了我們看到的顏色。

此外，不同氣體在大氣中形成的液滴和冰晶反射和折射不同波長的太Sunny，也會產生不同的顏色。各種效應疊加起來就造就了木星從我們眼中看到的樣子。

木星的色彩和條紋是少量的顯色化合物在木星混懸著各種氣體液滴和冰晶成分的氫氣為主的大氣中對流形成的。