很有意思的可能性，但這種可能性也只是個沒有根據的歪歪而已，退一百步，就算組織的幕後黑手真的是新一的母親，新一變成柯南的這件事情也不會是新一母親設計的，因為新一遇到那個神秘組織根本就是個巧合，要不是新一非要自己去跟蹤神秘組織的人，而不是報警讓警察去調查，也不會被抓住，更不會被拿來試藥，所以新一變成柯南這件事確實只是個意外災難，而他母親毫無關係。再來她母親也不可能是幕後黑手，因為柯南調查跟蹤過神秘組織好幾次，幾乎是面對面的接觸過，甚至是生命受到威脅，而神秘組織也一直在調查柯南和小哀，如果新一母親是幕後黑手，知道柯南就是新一的她，還會派神秘組織一直在追尋這兩個人嗎？

這個問題如果按正常的走向來講，是存在邏輯性錯誤的。我們可以從柯南劇場版萬年不變的一段開場來講。“我叫工藤新一…目睹了…被灌下了…真相只有一個”。有希子為什麼要保護柯南？是因為柯南受到了黑來自衣組織的威脅？

把柯南變小是琴酒所為，為了保護新一不受黑衣組織的迫害，只能透過琴酒的手，把新一變成柯南。真相只有一個:工藤有希子，你就是黑衣組織的boss。

為了不讓兒子，攪和到自己的組織內！只能下此狠手，還派了灰原哀到柯南身邊監視他，還得讓小弟琴酒有事沒事露個臉，製造點恐怖氣氛，又怕傷了寶貝兒子，只能派閨蜜貝爾摩德暗中保護，偶爾得讓小侄子基德來分散柯南注意力（基德名字是優作起的好像）。

啊，扯不下去了，誰來繼續編下去吧！誒，烏丸蓮耶，你冷靜點…