珊瑚在分類學上屬於腔腸動物門，除了少數幾種屬於水媳蟲綱外，絕大多數皆屬珊瑚蟲綱，珊瑚蟲綱又區分為八放珊瑚亞綱及六放珊瑚亞網。若依照珊瑚骨骼質地的特性來區分則可分為石珊瑚類（stony corals）和軟珊瑚類（soft cofals）。

石珊瑚種類繁多且形狀各異，據估計全世界的石珊瑚約有七百多種，大部分屬於六放珊瑚亞綱中的石珊瑚目、小部分屬於六放珊瑚亞綱中的黑珊瑚目、八放珊瑚亞綱中的藍珊瑚目。葡根目以及水媳蟲綱中的千孔目與柱星目。

石珊瑚類的珊瑚，因為具有分泌碳酸鈣形成堅硬群體骨骼的能力，是構成珊瑚礁體最主要的部分，所以又被稱為造礁珊瑚（hermatypic coral）以有別於其他的非造礁珊瑚（ahermatyplc coral）。

軟珊瑚在分類上屬於八放珊瑚亞綱的海雞頭目（或稱軟珊瑚目），其分類依據群體形態、珊瑚蟲的構造及骨針的特徵等三項重要的特徵。臺灣主要的種類有冠形軟珊瑚、指形軟珊瑚。葉形軟珊瑚、肉質軟珊瑚、及穗珊瑚。

軟珊瑚類具有優美的型態、鮮豔的色彩及亮麗的外觀，是海底重要的景觀和生態資源。除此之外，大部分的軟珊瑚都含有豐富的化學物質，由軟珊瑚群體分離出來的化學物質已經被證實能抑制癌細胞的增長，具有作為天然藥物的潛力，其經濟價值正由科學家評估中。