隱身技術對飛行器的設計製造以及成本方面都會帶來系列的挑戰。總的來說，隱身的話很多地方不利於飛行效能的。

比如，在飛行器總體氣動設計方面。傳統的飛行器設計目的是得到一個擁有高升阻比、易於控制且敏捷的佈局和外形。但是隱身的話，會和傳統的設計理念相沖突。

舉個最簡單的例子吧，為了降低飛行器的阻力，要求儘量減少飛行器的浸潤面積。因此，飛行器的機身截面通常都設計成圓形，因為圓形的浸潤面積最小。但是圓形截面是雷達隱身最不理想的情況，因為無論從哪個方向看，圓形截面都是很強的散射。理想的雷達隱身外形希望採用傾斜平板的方式，將散射擊中在某一方向。但是因此相對來說阻力增大。

如上圖所示：圓形截面浸潤面積小但隱身效能差，傾斜平面設計浸潤面積大但是隱身特性好。

當然了還有一些特點的設計，為了滿足隱身的要求，必須採用內建彈倉。這樣飛行器的尺寸必須加大，同時增加了技術難度。

再比如，發動機的壓氣機是飛行器前方最大的雷達散射源，為了有效降低其影響，進氣道必須要採取大幅度彎曲的設計，如“S”型進氣道，或者新增雷達屏障，從而實現對葉片的遮擋。但是這樣一定程度是會導致進氣道的重要設計引數總壓恢復係數下降，最終導致發動機效能下降。

如上圖紅線畫出的軌跡一樣，F-22等隱身戰鬥機都採用了S型進氣道，一定程度影響進氣道效率

還有，隱身設計會對飛行器力學和結構造成挑戰。曲面結構有利於承受飛行器表面的氣動力，而平面結構承載能力差，易失穩。為了保證結構的剛度和強度，一般情況下平面結構要付出更多重量的代價。為此推重比會降低。

最後，雷達隱身塗層的使用也會導致重量的增加。目前廣泛應用的鐵氧體塗層雖然吸波效能好，但是厚度高，密度大，也一定程度上會影響推重比。

總的來說，隱身設計的一些要求和傳統飛行器設計目的相沖突。一定程度上會抑制飛機的飛行效能。如何有效的將氣動和隱身結合一直是飛機設計師的難題。

F117是隱身效能最好的，正面RCS比F22、B2小一些，主要是將雷達波反射到幾個角度範圍，這對氣動產生很不好的影響，F22就在兩者中均衡一下，如果不考慮離子隱身，這種隱身方法的確對氣動外形有影響，還會影響到超巡，但對超機動來說，還是看發動機，特殊氣動佈局如前掠翼多一些。

隱身就像事物的兩面性，在電子干擾的同時，自身的精確自導系統，也會造成目標自導精確攻擊的誤判，特別是在超音速飛行的情況下，就像人有智商高和智商低一樣，自導系統晶片的識別強弱以及電腦效能的不一樣，也說明了這點。