可以說，孫恩和盧循的起義，直接導致了東晉政權的滅亡。

晉朝採用的是世家大族治理天下的方式，連選擇官吏的方式，都是採用陳群建議的九品中正制，也就是由朝廷派人對一些青年才俊進行考核，從文采，相貌，能力等諸多方面進行評比，定級。根據個人所定的級別不同，可以獲得不同的官職。但是對於世家大族來說，最差也能是六品，最高可以到二品，但是對於寒門庶族來說，六品已經是他們最高的品級了。所以這樣的制度就導致很多的權利都集中在世家大族手中，東晉的政權也就相對穩定。直到八王之亂，永嘉南渡之後。

八王之亂直接導致西晉的滅亡，衣冠南渡之後，建立了東晉政權。一些傳統的北方大族在來到南方之後，都失去了原來的大族地位，並且很多還和南方的大族產生摩擦。在不斷的鬥爭和爭權中，東晉王朝的實力反而被逐漸削弱了，這才最終讓桓溫篡位成功。不過孫泰孫恩叔侄的起義卻遠沒有破除門閥那麼高尚，純粹是妖言惑眾並且是為了一己之私而進行的起義。但是客觀的將，這次歷經十二年的動亂，的確很大的削弱了東晉的實力，讓東晉名存實亡，這才有了之後宋高祖劉裕，也就有了之後的五代十國。

從性質上講，孫泰孫恩盧循的起義，是一場傳統的農民起義，但是由於其五斗米教的性質，有披上了一層宗教色彩。和東漢末年張角起義如出一轍。所以並沒有什麼積極意義，完全是妖言惑眾的動亂。而從影響上來講，這次起義破除了晉朝以來世家大族掌權的體系，讓劉裕掌權之後，不得不重新考慮限制世家大族的實力，重用寒門庶人。從這一點上可以說是歪打正著。

削弱了東晉朝廷對地方的控制力，掌權的世家大族鎮壓乏力，蠢材屢出。桓玄(野心家)劉牢之劉裕寒族得以脫穎而出。邪教自古一體，(太平道，五斗米道，白蓮教，太平天國)造反只不過是利用人民取得權利，自己做皇帝而已。民變的成敗既曝光了又緩解了統治階層與被統治階層的矛盾，但並不能使這種矛盾消失瓦解。東晉仍舊愚昧腐敗著，劉裕則順利練級成功。