光緒帝的去世，根據現有考古資料和歷史文獻檔案記載分析，應該不是正常死亡，光緒皇帝的去世雖然沒有直接證據證明為慈禧所害，恐怕也和慈禧太后的指使分不開。

首先，現代人對光緒皇帝墓進行考古研究，透過對光緒皇帝頭髮的測試，發現砷(水銀)含量超出正常人的數倍，確定光緒皇帝是砷中毒死亡，也就是非正常死亡。

其次，眾所周知，自戊戌變法失敗後，變法主要成員“戊戌六君子”譚嗣同、劉光第、林旭、楊深秀、楊銳、康廣仁被慈禧太后下令殺害後，力主變法的光緒皇帝被慈禧太后囚禁在中南海瀛臺，成為有名無實的傀儡皇帝，慈禧太后二次親政。因慈禧太后和光緒皇帝年齡相差較大，慈禧太后一直擔心自己去世後光緒皇帝推行變法新政，因此，慈禧太后在自己臨終前派人下毒害死光緒皇帝就是順理成章的事了，否則，時值壯年的光緒皇帝怎麼會那麼巧死在慈禧太后駕崩的前一天呢？當然，現在還沒有直接證據證明光緒皇帝就是慈禧派人毒死的，只是後人推測而已。

光緒帝是砒霜中毒而死,但是誰是兇手至今還是個謎,比較符合條件有慈禧、李蓮英和袁世凱。有專家檢驗過光緒帝的頭髮,發現他並不是病死的,而是死於砒霜中毒,因此光緒帝死因成為清朝一大謎團,至於誰毒害了光緒帝還無從得知。

首先來分析下慈禧毒害光緒帝的可能性,光緒雖然尊稱為慈禧為母后,但慈禧跟他並不是母子,慈禧衰老病重時,怕光緒帝在她死後重掌朝政,所以事先將光緒毒死。

慈禧身邊太監李蓮英也是謀害光緒帝的疑兇，他曾偷偷聽到光緒帝說過，等慈禧一死,就處死李蓮英和袁世凱,李蓮英因怕死才會給光緒下毒。

最後一個嫌疑人是袁世凱,袁世凱怕光緒帝在慈禧死後重掌政權,所以先下手為強,這點在溥儀的《我的前半生》裡有記載,書中說光緒帝是在服用袁世凱送的藥後駕崩的,可見袁世凱應該就是害死光緒真兇。