兩京一十三省基本上就是自古以來的中原漢地，也就是可以農耕的地方。其他的地方如女真，蒙古，西藏等地都是遊牧少數民族佔據，再當時的技術條件下無法直接統治的地方，採取了土官羈縻統治的方法。

這些地區是一種自治狀態，類似於現在的一國兩制，中央沒有直轄治理機構，不派流官，所以也就談不上設省了。

明朝兩京13省的的行政劃分其實沿襲元朝的行省制，後來深感不便，又在此基礎上進行了改革。1376年(太祖洪武九年)改行省為承宣布政使司。承宣布政使司下設府和直隸州，府以下有縣和屬州，各州以下有縣，形成了一個省府州縣四級制與省州縣三級制並存的大體格局。明初設定的都指揮使司、承宣布政使司、提刑按察使司"三司"三分各省軍政司法權力的體系，後逐漸被巡撫制度接掌，巡撫常常成為各省權力統一的最高長官。

有的一省一巡撫。有的一省幾巡撫。如北直隸有順天巡撫(駐遵化)、保定巡撫(駐真定，今河北正定)、宣府巡撫(駐宣府鎮，今河北宣化，一度兼領山西大同府)三巡撫;南直隸有兩巡撫:應天巡撫(駐蘇州府，今江蘇蘇州)、鳳陽巡撫(駐淮安府，今江蘇淮安楚州)。有的在幾省交界處設定一巡撫。

1428年(宣德三年)以後，全國統分為兩京、13布政使司。兩京是京師(即北直隸)和南京(即南直隸);13布政使司簡稱13司，俗稱13省，為山東、山西、河南、陝西、四川、湖廣、江西、浙江、廣東、廣西、雲南、貴州、福建。因習慣上也稱一個直隸區為一省，所以又有15省之說。明朝與今名稱雖大部相同。

此外，還有統轄黑龍江、松花江流域和庫頁島等地的奴兒干都司，在政教合一的青海、西藏地區設定有烏斯藏、朵甘二都司，另有置於今甘肅、青海交界地區的哈密、曲先等衛，不過這些屬於羈縻性質，與內地的都司、行都司性質不同。