小麥近幾年發生嚴重的是莖基腐病，查閱資料發現，抗莖基腐病的小麥品種並不多，目前多采用藥劑預防莖基腐病的危害。在眾多藥劑中，以戊唑醇進行種子包衣效果最好。

莖基腐病是小麥生產上一種由多種病原菌引起的土傳病害，在河南、山東、河北、安徽等冬小麥產區普遍發生。據研究表明，當前並沒有免疫和高抗莖基腐病的小麥品種，有一些中抗莖基腐病的小麥品種，若當地莖基腐病發生嚴重可選擇種植中抗品種，發生輕的地區可選用中感品種，並做好種子處理（拌種或包衣），並加強水肥管理。

1、選用抗病較好的小麥品種。中抗莖腐病的小麥品種有：濟麥19、菸農19、菸農21、菸農999、石02-6207、石4366、泰山21、山農鑑25-229、濟南17、邯麥10號、寶麥8號、晉麥63、臨優145、長4640、淮麥26及西北地區的冬小麥蘭15、蘭大211、蘭天131、蘭天132、蘭天575等。

2、合理輪作，可實行與玉米、棉花、大豆及大蒜、辣椒等蔬菜作物進行輪作，可減輕病害發生。

3、種子處理，可選用酷斯拉、適麥丹+銳勝、立可鏽（戊唑醇）進行包衣，選用多菌靈+苯醚甲環唑拌種，可減少小麥生長前期發病。

4、實行健身栽培，包括精量播種，合理密植，合理施肥（控氮、增磷鉀及鋅肥）、適時澆水補墒（如澆越冬水）及時防治地下蟲等栽培管理措施。

5、在小麥返青期用藥控制，可結合防治小麥紋枯病、鏽病等一起用藥，可選用戊唑醇、苯醚甲環唑、苯甲·嘧菌酯、丙環唑·嘧菌酯等藥噴施，要噴勻噴透小麥莖基部，能夠有效減輕小麥中後期莖基腐病的發生。