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投標檔案蓋合同專用章不可以，應在加蓋公章處加蓋投標人公司公章。

投標專用章的效力一般如下規定：

招標檔案中明確要求要求加蓋公章（或電子簽章）的，投標人必須加蓋投標供應商公章（或電子簽章）。在有授權檔案（原件）表明投標專用章法律效力等同於投標供應商公章（或電子簽章）的情況下，可以加蓋投標專用章，否則將導致投標無效。

不能。公章一般是單位處理內外部事務的印鑑，公司對外的正式信函、檔案、報告使用公章，蓋了公章的檔案具有法律效力。合同章是專門用於合同簽訂的印鑑，在簽訂合同方面兩者效力一樣，只要是真實的。因為公司公章與公司合同專用章在使用與管理上存在區別。第一、二者的管理部門不同。公司合同專用章的管理部門一般為法律部門，公司公章的管理部門一般為公司的綜合管理部門。第二、用途範圍及效力不同。公司合同專用章專用於合同的簽訂，其效力僅限於合同簽訂。公章則具有代表公司的功能，其效力除了合同的簽訂以外，還可涉及及於公司一切事務，如檔案、通知及證明等，具有行政管理作用。

法律依據：《印章治安管理辦法》 第三條

本辦法所稱印章指公章和具有法律效力的個人名章。本辦法所稱公章是指國家權力、黨政機關、司法、參政議事、軍隊、武警、民主黨派、工會、共青團、婦聯等機關、團體，企業事業單位，民政部門登記的民間組織，居(村)民委員會和各議事協調機構及非常設機構的法定名稱章和冠以法定名稱的合同、財務、稅務、發票等業務專用章。