長江流域省級人民政府應當制定嚴於國家水汙染物排放標準的地方水汙染物排放標準，報國務院生態環境主管部門備案：

（一）產業密集、水環境問題突出的；

（二）現有水汙染物排放標準不能滿足所轄長江流域水環境質量要求的；

（三）流域或者區域水環境形勢複雜，無法適用統一的水汙染物排放標準的。

第四十六條 長江流域省級人民政府制定本行政區域的總磷汙染控制方案，並組織實施。對磷礦、磷肥生產集中的長江干支流，有關省級人民政府應當制定更加嚴格的總磷排放管控要求，有效控制總磷排放總量。

磷礦開採加工、磷肥和含磷農藥製造等企業，應當按照排汙許可要求，採取有效措施控制總磷排放濃度和排放總量；對排汙口和周邊環境進行總磷監測，依法公開監測資訊。

第四十七條 長江流域縣級以上地方人民政府應當統籌長江流域城鄉汙水集中處理設施及配套管網建設，並保障其正常執行，提高城鄉汙水收集處理能力。

長江流域縣級以上地方人民政府應當組織對本行政區域的江河、湖泊排汙口開展排查整治，明確責任主體，實施分類管理。

在長江流域江河、湖泊新設、改設或者擴大排汙口，應當按照國家有關規定報經有管轄權的生態環境主管部門或者長江流域生態環境監督管理機構同意。對未達到水質目標的水功能區，除汙水集中處理設施排汙口外，應當嚴格控制新設、改設或者擴大排汙口。

第四十八條 國家加強長江流域農業面源汙染防治。長江流域農業生產應當科學使用農業投入品，減少化肥、農藥施用，推廣有機肥使用，科學處置農用薄膜、農作物秸稈等農業廢棄物。

第四十九條 禁止在長江流域河湖管理範圍內傾倒、填埋、堆放、棄置、處理固體廢物。長江流域縣級以上地方人民政府應當加強對固體廢物非法轉移和傾倒的聯防聯控。