這個是不矛盾的，為何非要糾結於雞和蛋。作業系統本身就是一個程式，有沒有作業系統和能不能寫出程式是沒有關係的。

當計算機出來的時候，便是透過0和1來操作(低電壓和高電壓)，也就是最底層的硬體就是透過電壓然後一個個的門來進行操作的。

那麼這些門怎麼組成電腦的呢?(準確來說是CPU)，不同的CPU有不同的組成方式，早期的電腦就是一臺機器就是一臺機器，其他機器的命令絕對不可能執行在這樣機器上。所以後來決定統一一下。所以現在主流的CPU架構就這麼幾種。

不同的CPU架構，它的指令是不一樣的，所有這樣的指令，被稱為指令集，這個指令集可以完整的操控電腦的所有硬體。這就是機器碼。那麼後來決定這樣太麻煩了，記不住，於是發明了組合語言，加入了一些助記符號。

但是這樣還是很麻煩(中間的發展過程我就不詳細講了)，於是發明了c語言，在早期的c語言裡面可以嵌入組合語言的，雖然現在已經不允許了。c語言被稱作中級語言，因為它很方便，但是對底層的硬體支援十分良好。c語言的指令，對應的就是組合語言的指令或者最原始的機器指令。當編譯之後，c語言指令(組合語言指令)就轉變為了機器碼。然後這樣的機器碼才在CPU上執行。

那麼作業系統呢？第一個作業系統是由BCPL(c語言的前身)語言寫出來的(Unix)，雖然後來經過最佳化，使用C語言完成的。

所以說作業系統也不過是一個程式而已，沒有作業系統，只是不習慣我們現在操作而已，如果直接將機器碼放在CPU中，一樣是可以執行的。

而Java就是自己的指令對應著c語言的指令或者機器碼，然後透過JVM進行編譯或者解釋，最終執行。

沒有學過計算機發展史吧，你學過就不會感覺疑惑。第一代為機器語言，即0101這種形式，也是現代計算機主要資料儲存和表示方式。第二代為自然語言(組合語言)，即開始透過符號來表示0101，例如AND。第三代高階語言(以C/C++,Java為代表)，就是題主所舉例的。作業系統本身也是一種程式，不過是混入了一些組合語言。高階語言是面向應用層的，機器、彙編面向是物理層的，作業系統不是用Java編寫的，而是一個和Java無關的領域了。