口袋妖怪病毒首次出現於第二世代。

口袋妖怪病毒沒有副作用，與異常狀態不同，口袋妖怪病毒無法被口袋妖怪中心或任何道具治癒，每隻口袋妖怪只能感染至多一次。處於口袋妖怪病毒的精靈在戰鬥結束時，獲得的努力值翻倍。

透過戰鬥獲得的努力值（矯正背心、力量護腕等）也會翻倍。

對非透過戰鬥獲得的努力值（如營養藥劑、樹果、羽毛等）無效。

口袋妖怪病毒在幾天後就會消失，但將精靈存入電腦或飼育屋時，時間停止計算。

2感染編輯

每場戰鬥結束後，身上的每隻精靈各有3/65536的機率感染口袋妖怪病毒。

如果一隻精靈已經處於口袋妖怪病毒狀態，戰鬥結束後有1/3的機率將口袋病毒傳染給隊伍中與它前後相鄰的精靈。

從第三世代開始，蛋也一樣會被感染口袋妖怪病毒。

主角首次遇到病毒時，口袋妖怪中心的護士會做一點解釋，告訴主角口袋妖怪病毒是口袋妖怪身上的“微生物”。

在金·銀·水晶與心金·魂銀中，當第一次出現口袋妖怪病毒狀態時，會收到空木博士的電話，告知口袋妖怪病毒沒有副作用，並會逐漸消退。

3免疫編輯

口袋妖怪病毒持續1到4天，在感染病毒後的4天內的凌晨0點時解除。

解除口袋妖怪病毒的精靈將會進入病毒免疫的狀態，原本努力值翻倍的效果依然存在，不會因為免疫而消失。但不會再次出現口袋妖怪病毒，也不會把病毒傳染給其它精靈。

到第三世代為止，口袋妖怪病毒免疫狀態在精靈資料頁面顯示為一個黑點。 從第四世代開始，顯示為一個笑臉。

在火紅·葉綠等遊戲中，由於不存在時間系統，所以病毒不會消失。

4消失編輯

由於第一世代沒有口袋病毒設定，在第二世代中，將感染口袋病毒的精靈傳入第一世代的遊戲，該精靈的口袋妖怪病毒會連同免疫狀態一起徹底消失。