從他最後選擇自盡，說明他不是貪生怕死之人，至於以前的偷襲珍珠港和中途島兩大戰役存在的爭議，是因為指揮官考慮的角度和指揮風格不同，但每次戰役指揮南雲忠一都有獨到之處，所以山本一直在重用他。

在南雲忠一指揮的偷襲珍珠港戰役中，美軍損失慘重。8艘戰列艦中，4艘被擊沉，一艘擱淺，其餘都受重創，6艘巡洋艦和3艘驅逐艦被擊傷，188架飛機被擊毀，數千官兵傷亡，但日本只損失了29架飛機和55名飛行員以及幾艘袖珍潛艇。

但斬獲頗豐的日軍，在戰鬥達到關鍵時刻時卻戛然而止，全員返回慶功去了。用南雲忠一本人的話說，是此時已經達到了偷襲的戰略目的，再待下去恐會遭到美國航空母艦的攻擊。

結果正因為南雲忠一取消了最為致命的第三波空襲，放棄轟炸美軍油庫，美軍藉此得到了喘息的機會。在隨後1942年的中途島之戰中，身臨前線擔任指揮的南雲忠一優柔寡斷，錯失良機，造成日軍不僅幾乎毫無斬獲，還搭上了4艘主力航空母艦，外加300多名航空兵精銳，最終這場大敗，導致日本海軍進入一蹶不振“冬眠期”。

可是南雲並非一個庸才。他在突襲珍珠港的行動中表現可圈可點，面對身邊激進的將官，尤其是山口多聞等航空派力主的發動第三輪攻擊時，他可以審時度勢的命令艦隊撤退，而不是冒險發動一次可能毫無意義的攻擊。而正是他的舉動，保證了突襲艦隊的平安歸來。

而在命運之地，中途島，南雲的指揮雖然沒有多少亮點。但需要指出的是，這並非是他一個人的錯誤。從日本海軍密碼JN25被破解時，日本海軍就已經陷入了劣勢。而日本潛艇發現美軍航母時，山本處於無線電靜默的考慮和潛艇應該給南雲忠一也發了一份電報，所以沒有給南雲忠一這份至關重要的情報。這些最終都導致了，中途島的慘敗。事實上並非是他一個人的過錯。

瓜島戰役的聖克魯斯海戰裡，南雲也取得了戰術性勝利，雖然代價高昂，但是南雲忠一卻為聯合艦隊保住了僅剩的主力航母，如果不是南雲忠一力主撤退的話。可能日本就會在當年，徹底失去自己所有的主力航母，而戰爭也就更早的結束了。作為崇尚攻擊，而輕視防禦的日本海軍裡，南雲忠一也算得上一號人物了。