理論上不同種HA與NA之間可以任意重組，但是現實中很多是不能夠基因重組的，新種流感病毒的產生主要有兩種方式，一是流感病毒自身的基因突變形成新種病毒，二是流感病毒的種間重配，重配產生的子代病毒的宿主適應性相比較於親帶病毒可能是增強的，也有可能是減弱的，當子代病毒在宿主內適應性非常低時，是無法繁殖的，因此，此時的組合型別就不能存在，另一方面，由於有些流感病毒的packaging sequence不一樣，從根本上就沒有與其他亞型流感病毒進行重組的可能，比如蝙蝠流感

假設有H5N9，是否有可能兩者自行組合（或者人工組合成）H5N1？

是的，理論上所有的HA和NA之間是可以自由組合的，只是機會和時間的問題，也就是說只要兩種病毒有很多機會在宿主中接觸並且持續很長時間，都可以產生基因的互換。實際上，在流感病毒的天然宿主，也就是野生飛鳥身上已經找到了越來越多的病毒，證明HA和NA之間的組合可以很多。

這是因為流感病毒的基因組是由8條片段組成的，每個病毒的8條片段都基本相似，只是序列不太相同，所以，這個病毒的8條片段和那個病毒的8條片段可以互相交換，形成全新的病毒，這一過程稱為病毒重組。近年來，爆發的很多流感病毒都是由基因重組產生的新的病毒，比如H7N9和2009年的甲流都是基因片段交換產生的人類沒有免疫力的新的病毒。當然這種交換可以發生在任何一條基因上，不是隻有HA和NA，也可以是其他病毒基因的交換。

假設有H1N1和H5N9，是否有可能得到H1N9和H5N1？這種情況是可能的，但是在非自然條件下，比如在細胞培養上，或者人工合成上，即便可以得到重組的H1N9和H5N1，這種病毒可能也存活不下來，因為作為新的病毒它們沒有充分的時間和空間進行適應和突變，直接組裝出來的病毒由於不適應很快就會死掉。但是在自然狀態下，如果兩個病毒長時間共存，就可以不斷地對病毒的內部基因也進行調整，可以透過突變使病毒更為適應，這樣是可以得到H1N9和H5N1病毒的。但這時得到的H1N9和H5N1病毒和原始的H1N1和H5N9的基因都會存在一些差異，因為這是自然選擇和進化適應留下的病毒，在基因序列上會有適應性突變。