包庇就包庇了，人家萬曆喜歡撒，說難聽的，萬曆對於鄭妃母子過於寵溺，萬曆在位時間被這對母子搞得焦頭爛額，自己又沒那個能力把自己喜歡的第三子立為太子，一直在拖，搞到最後自己乾脆迴避，不上朝，這一搞就是20多年，唉，朱翊鈞啊。

萬曆四十三年（公元1615年），一個叫張差的人闖入太子朱常洛的寢宮，並拿木棍欲追擊刺殺太子。歷史上將此次事件，稱為“梃擊案”。“梃擊案”發生後，張差供出是受到了鄭貴妃手下親信太監的蠱惑，從而進宮行刺。因為鄭貴妃很難與該案撇清關係，所以萬曆皇帝及時喝止了對該案的進一步審查。萬曆皇帝之所以包庇鄭貴妃，是由這些因素所致。

1.萬曆皇帝年少時臨幸了一位宮女，並讓該宮女懷孕生下了長子朱常洛（公元1582年生）。由於朱常洛是萬曆皇帝的第一個兒子，所以按照明朝祖制，理應將他冊封為太子。萬曆皇帝因為朱常洛是宮女所生，所以拒絕冊封朱常洛為太子。但李太后以及眾多的朝廷大臣，他們都堅決地讓萬曆皇帝立長子朱常洛為太子。萬曆皇帝在此情此景下，最終無奈地立了朱常洛為太子。——萬曆皇帝始終不甘心讓朱常洛成為太子，為此與大臣鬥爭了幾十年。

2.萬曆皇帝在後宮佳麗之中，唯獨寵愛鄭貴妃。當鄭貴妃為萬曆皇帝誕下皇子朱常洵（公元1586年生）後，萬曆皇帝便迫切地要改立朱常洵為太子。然而朱常洛處處小心謹慎地當了幾十年的太子，竟讓萬曆皇帝抓不到廢其太子之位的藉口。面對年事已高的萬曆皇帝，此時的鄭貴妃或許早已失去了等待的耐心。於是鄭貴妃的親信太監龐保、劉成，他們將張差引入皇宮並圖謀刺殺太子。——即使是鄭貴妃謀劃了刺殺太子之事，這也與萬曆皇帝的利益一致。

3.“梃擊案”沒有殺死太子，卻差點致鄭貴妃於死地。當時朝廷的大臣得知太子遇害，便要求嚴懲幕後真兇。但萬曆皇帝力排眾議，僅僅懲處了張差及鄭貴妃手下的那些“小嘍嘍”。並且萬曆皇帝為了息事寧人，還讓太子做出了:“此案只追究張差一人”的表態。——在萬曆皇帝心裡，自己心愛的女人比太子朱常洛重要。

這就是為何，萬曆皇帝包庇有謀殺太子嫌疑的寵妃之真相。