巴基作為路飛前期的一個小障礙，四分五裂果實能力者，懸賞金1500萬貝利，在東海平均只有幾百萬貝利海賊中也屬於大海賊了。但因為東海是最弱的一個海，海軍不認為這個海域的海賊有惡魔果實，並且在被捕時也沒有使用果實能力，所以進入監獄沒有好好檢查，沒有發現他是惡魔果實能力者，沒有為他帶上海樓石手銬（在海軍嘴裡說巴基隱藏的太深）。

直到與路飛逃獄海軍才發現巴基是個惡魔果實能力者，深入調查後才知道巴基是海賊王羅傑船上的船員，並且與香克斯關係要好，加上白鬍子的搭話，手下吹捧，海軍解說，巴基成了一個實力超群的傳說級海賊。。。。。

謝謝邀請，首先說無論是哪部作品，我們作為旁觀者都無法揣摩到作者內心最深處，所以我們說的一切都只是探討，我覺得巴基沒有被發現原因從當時動漫裡來看，一是他當時只是幾個海域裡最弱的東海的一個小海賊，就像現在我們會對一個普通的陌生人多加關注嗎，因此海軍本部對他沒多大重視。二是他是羅傑船上的人，甭管是見習還是什麼，他都在那條船上待過，而世界政府對羅傑的事有點風吹草動就極其在意，所以他也是為了隱藏自身，同時巴基只對寶藏感興趣，不在乎能不能出名。

小丑巴基可以算得上的海賊王中的天選之子，運氣好的一批，可能也就是這一點給巴基入獄的時候加了個作弊器，沒有被發現。

其次，要知道，惡魔果實能力如果不施展的話，是無法看出來的，所以，如果巴基沒有跟海軍交過手，沒有展現過果實能力，海軍是不會注意到的。

而且，巴基原懸賞金只有1500萬，這在海軍總部看來就是一個小角色，完全沒有重視的必要，所以，在巴基入獄的時候，根本引不起海軍的重視。

而且，巴基絕對算得上的裝蒜的一把好手，能夠把自己各種出醜包裝成自己很有實力的樣子，這也是沒誰了，考慮到他的這一個技能，就算在收押入獄的時候被海軍檢查露出點馬腳，也能夠矇混過去。

最後，其實巴基表面雖然給人以二貨的形象，但是網上也有很多人猜測能夠跟紅髮稱兄道弟，做過羅傑的船員應該不會只有表現出來的這點能力，如果這是這樣的話，那麼很有可能巴基是一個隱藏無比深的強者。

綜上，小丑巴基在進入監獄的時候，沒有被發現是能力者也就可以理解了。