旗艦店、專賣店有3點不同：

1、意義不同：

（1）旗艦店的意義：旗艦店是企業順應商業發展需要和參與市場競爭的必然產物，是品牌競爭的有力手段，對企業本身有重大意義，對行業發展也能起到示範的作用。

（2）專賣店的意義：專賣店能有效貫徹和執行公司文化及活動方針，有效提高集團的執行力，突破現代企業所普遍面臨的管理瓶頸；銷售、服務一體化，可創造穩定的忠誠的公司顧客消費群體。

2、性質不同：

（1）旗艦店的性質：某商家或某品牌在某地區繁華地段、規模最大、同類產品最全、裝修最豪華的商店。

（2）專賣店的性質：專門經營或授權經營某一主要品牌商品為主的零售業形態。

3、設立注意事項不同：

（1）旗艦店的設立注意事項：旗艦店選址要考慮商圈，即要注意商圈及周邊的人口密度。例項顯示要考慮核心商圈自周邊一公里範圍內居住的人口數量及購買水平並輻射到3~5公里範圍內居住的人口數量及購買水平。旗艦店是指某一品牌在某城市中最大且最為豐富齊全的營業店，或擁有最快上市速度等特點為一體的專門店或專營店。

（2）專賣店的設立注意事項：專賣店一般選址於繁華商業區、商店街或百貨店、購物中心內；營業面積根據經營商品的特點而定。

注：旗艦店一般是指一個品牌的在一定範圍內最大、品類最齊全的店面；專賣店一般就是指專門代理一個品牌或者代理一個品類的店面，營業面積根據經營商品的特點而定。