公元前338年，秦孝公去世，太子駟即位，即秦惠王。公子虔等人告發商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至邊關，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，見他未帶憑證，告以商君之法，留宿無憑證的客人是要治罪的。商鞅想到魏國去，但魏國因他曾生擒公子卬，拒絕他入境。

商鞅回秦後被迫潛回封邑商，發動邑兵攻打鄭縣（今陝西省華縣）。秦惠文君派兵攻打，結果商鞅失敗戰亡。其屍身被帶回咸陽，處以車裂後示眾。秦惠文君同時下令誅滅商鞅全家。商鞅雖然被害，但新法並未被廢除。

商鞅在秦孝公的支援下在秦國推行變法，大致可分為三個階段，分別是農耕、軍戰和中央集權。在他的統治理念之下，把秦國從偏遠落後的遊牧蠻夷變成了令東方六國生畏的虎狼之國。在變法的22年時間裡，幫秦孝公和商鞅的變法使國家從弱小變為強盛，但也因此侵犯了舊貴族的利益而導致結怨無數。商鞅每次出門都有如臨大敵之感，需要有十多輛兵車和重甲持戈計程車兵保護。秦孝公病故，剛剛繼位的秦惠公和舊貴族就對商鞅群起而攻之。後來商鞅舉家逃亡，跑到一個叫關下的地方，欲投宿，施捨的主人不認識商鞅，告訴他商君（商鞅）的法令明文規定，沒有憑證的會被治罪。商鞅仰天長嘆：嗟呼，為法之弊，一至此哉。商鞅回秦後被迫潛回封邑商，發動邑兵攻打鄭縣。秦惠公派兵征伐，結果商鞅失敗戰死。 其屍身被帶回咸陽，處以車裂後示眾。秦惠公同時下令誅滅商鞅全家。