第一，皇后把令妃、紫薇、小燕子和福家看成五阿哥的利益共同體，打擊一部分就是打擊整體，對五阿哥也有影響。第二，皇后掌管後宮，這倆格格很不守規矩，管教她們本就是職責。第三也是最重要的，一部戲沒有反派怎麼突出主角的光輝。

《還珠格格》中，皇后為什麼要針對小燕子和紫薇？原因很明確，因為她們是令妃和五阿哥陣營的，而皇后和他們是對立陣營。不過皇后平時也沒少懟得寵的令妃。

小燕子一入宮便被帶到了令妃的宮中，當時令妃很受寵，見皇上很喜歡小燕子，就刻意拉攏她把她招到了自己的麾下。爾康、爾泰的母親和令妃是姐妹，紫薇又住在爾康的家裡，五阿哥和爾康、爾泰又是兄弟，所以令妃、爾康、爾泰和五阿哥同屬一個陣營。現在五阿哥射中了小燕子，小燕子又被令妃拉攏，紫薇和小燕子又是姐妹，所以小燕子和紫薇自然而然地就加入到了令妃陣營。

皇后本來就嫉妒令妃得寵，又嫌五阿哥太能幹，妨礙了她兒子永基的前途，所以平時就對令妃和五阿哥非常不滿。現在又平添了一個小燕子和紫薇，怎能不讓她堵心？所以皇后為了對付令妃和五阿哥，小燕子的身世就成了一個突破口。

小燕子剛出現時皇后就曾質疑過她的身份。令妃為了拉攏小燕子極力地迎合皇上勸說他認下小燕子。最後東窗事發，紫薇才是真正的格格，皇后抓住了把柄重創令妃集團。不過最後皇上還是放不下親情，放過了五阿哥和爾康爾泰，認下了紫薇和小燕子。而在《還珠格格》第二部中，皇后仍然沒有放過令妃集團，透過香妃“化蝶”事件和紫薇的“舅娘”繼續興風作浪，並派了大量的殺手刺殺逃亡的五阿哥、小燕子他們。不過還好，皇帝最終還是心軟的，將她們接回了北京。所以皇后不僅希望將小燕子和紫薇趕盡殺絕，而且也經常懟受寵的嬪妃，以鞏固她皇后的寶座。