家用飲水機使用時間一長，容易積塵，並使細菌大量繁殖。因此，一般每使用3個月或者飲用20桶水左右應清洗消毒一次，而且使用者可以自己動手清洗。首先切斷飲水機電源，並根據消毒劑的使用方法配置好消毒水待用。然後開啟冷水龍頭，放盡水膽中的冷水，再拆下飲水機底座，使飲水機冷水膽暴露在外。這時，拿一塊乾淨軟布放在飲用水中浸溼並擠幹後，擦去水膽中的沉澱物，再擦淨底座內部的底端並蓋好。將裝有少量純淨水的水桶垂直向下插入機體上部的聰明座，開啟熱水龍頭，直至有水流出後關閉龍頭；再取下水桶，將加入消毒水的瓶子插入聰明座；開啟熱水龍頭，放出適量的水，使消毒水全部流入機內；關閉熱水龍頭，向上拔出空瓶。5分鐘後開啟熱水龍頭，將水放完，再隔10分鐘，開啟冷水龍頭，將水放完。這時旋開機後的放水閥，將機內含有消毒水的水全部放掉， 再旋緊放水閥。最後用消毒過的乾淨的溼軟布擦洗外部各處，尤其細心擦洗凹陷處。這樣清洗消毒就完成了。

隨著人們生活質量的提高，對飲用水的要求也隨之提高，所以越來越多的家庭開始選用飲水機。但是如果飲水機的衛生不能保證，飲水機將成為細菌大量繁殖的溫床。

專家指出，飲水機是利用空氣壓力的原理工作的，在取水的同時，等量的空氣就進入了飲水機的內部。即使是清潔的空氣中也有4000個/平方米左右的細菌。而室內空氣由於流通性不好，更帶有大量的一氧化碳、浮塵和其他汙染物。這樣的空氣進入到飲水機中，經過一段時間的積累繁殖，細菌將達到一個驚人的數目，嚴重地危害人體的健康。造成二次汙染!一旦飲水機受到了汙染，純淨水再純淨也是沒有用的。

只有養成定期清洗飲水機的習慣才能保證飲用衛生安全。飲水機的消毒在夏天一般為每個月1—2次，在冬季則為每月一次即可。