初級代謝產物是指微生物透過代謝活動所產生的、自身生長和繁殖所必需的物質，如氨基酸、核苷酸、多糖、脂類、維生素等。在不同種類的微生物細胞中，初級代謝產物的種類基本相同。此外，初級代謝產物的合成在不停的進行著，任何一種產物的合成發生障礙都會影響微生物正常的生命活動，甚至導致死亡。 為許多主物都具有的主物化學反應，例如能量代謝及氨基酸、蛋白質、核酸的合成等，均稱為初級代謝（primary metabolism）。與此不同，只在一定範圍內主物的特異的代謝，則為次級代謝。在次級代謝的產物中，對維持生命佔有重要地位的並不少，但另一方面，各種動植物和微生物所大量積累的生物鹼、類萜（ferpenoid）、酚類、抗菌物質、色素等，其生理意義並不完全清楚。次級代謝產物許多是在胚胎髮育的特定時期以及其他特定組織中產生的，所以產物在經濟效益上以及對生物體性狀表現的調節在研究上都被看成是重要的。

次級代謝是指微生物在一定的生長時期，以初級代謝產物為前體，合成一些對微生物的生命活動無明確功能的物質的過程。分為抗生素、激素、生物鹼、毒素及維生素。

次生代謝過程是植物在長期進化中對生態環境適應的結果，它在處理植物與生態環境的關係中充當著重要的角色。分為苯丙素類、醌類、黃酮類、單寧類、類萜、甾體及其甙、生物鹼七大類