在侏羅紀時代偽龍類和板齒龍類都絕種，但魚龍存活了下來，生活在淺海中的動物還有一群四肢己演化成鰭形肢的海鱷類和硬骨魚類。其他的海洋生物還有蛇頸龍和短龍。到了晚期，魚龍和海鱷類逐漸步向衰亡。 大量的蕨類植物生長茂盛，恐龍稱霸天下。此外，還有鱷魚，烏龜等動物也存在，並一直存活至今。早侏羅世新產生了哺乳動物的另一些早期型別——多瘤齒獸類，它被認為是植食的型別，至新生代早期絕滅。而中侏羅世出現的古獸類一般被認為是有袋類和有胎盤哺乳動物的祖先。軟骨硬鱗魚類在侏羅紀已開始衰退，被全骨魚代替。發現於三疊紀的最早的真骨魚類到了侏羅紀晚期才有了較大發展，數量增多，但種類較少。侏羅紀的菊石更為進化，主要表現在縫合線的複雜化上，殼飾和殼形也日趨多樣化，可能是菊石為適應不同海洋環境及多種生活方式所致。侏羅紀的海相雙殼類很豐富，非海相雙殼類也迅速發展起來，它們在陸相地層的劃分與對比上起了重要作用。侏羅紀是裸子植物的極盛期。蘇鐵類和銀杏類的發展達到了高峰，松柏類也佔到很重要的地位。

因為那時候，地殼運動十分劇烈，陸地上升，原來的海底，大面積升成平原和高山，濱海與丘陵地帶出現了許多大大小小的窪地。蕨類植物給大氣中充實了氧，卻把自己的枝枝杈杈填進水坑，成了腐生物，造成水中嚴重缺氧。這種劇烈變動的環境，加大了動物中遺傳物質——基因的突變率，於是出現了五花八門的型別；而大部分卻由於適應不了當時多變的環境而被大自然淘汰了。