根據國有土地上房屋徵收條例，房屋徵收評估機構由被徵收範圍內的被徵收人投票選舉產生，選出的評估機構必須獲得過半選票才能有效。如果投票選舉無法產生，那就由抽籤的方式選出。 整個過程由被徵收人代表全程參與監督產生。保證公平 公正 公開。

根據法律來說，評估機構由被徵收人協商確定。遵循自願的原則。

《國有土地上房屋徵收與補償條例》第二十條：“房地產價格評估機構由被徵收人協商選定；協商不成的，透過多數決定、隨機選定等方式確定，具體辦法由省、自治區、直轄市制定。房地產價格評估機構應當獨立、客觀、公正地開展房屋徵收評估工作，任何單位和個人不得干預。”

法律規定開展土地價格評估的機構，應當具備土地估價資格並經土地管理部門、價格管理部門確認;

價格評估應當遵循客觀、公正的原則，按照規定的標準、程式和方法進行評估。

協商選定是確定評估機構的首選方式，只有被徵收人在規定的時間內未進行協商或者雖經協商但沒有達成一致意見時，才可以透過多數決定等其他方式確定。

常常評估機構的確定不合法是由於，評估機構不具備資質，或者評估的過程出現問題。這樣的話，被徵收人可以對評估提出異議。

申請複核和鑑定來維護自己的權利。

評估機構由被徵收人協商選擇，而且一定要選擇有合法資質的評估機構。以期能切實做到獨立、客觀、公正執行房地產估價規範和標準。《房地產估價機構管理辦法 》第三條規定：本辦法所稱房地產估價機構，是指依法設立並取得房地產估價機構資質,從事房地產估價活動的中介服務機構。本辦法所稱房地產估價活動，包括土地、建築物、構築物、在建工程、以房地產為主的企業整體資產、企業整體資產中的房地產等各類房地產評估，以及因轉讓、抵押、城鎮房屋拆遷、司法鑑定、課稅、公司上市、企業改制、企業清算、資產重組、資產處置等需要進行的房地產評估。

根據《國有土地上房屋徵收與補償條例》規定：“房地產價格評估機構由被徵收人協商選定；協商不成的，透過多數決定、隨機選定等方式確定，具體辦法由省、自治區、直轄市規定。”根據上述規定，協商選定是確定評估機構的首選方式，只有被徵收人在規定的時間內未進行協商或者雖經協商但沒有達成一致意見時，才可以透過多數決定、隨機選定等其他方式確定。