氰離子對細胞線粒體內呼吸鏈的細胞色素氧化酶（E.C. ）具有很高的親和力，與細胞色素氧化酶的結合後使之失去活性，從而阻斷細胞呼吸和氧化磷酸化過程。

具體化學反應不談了，簡單說就是：氰化物的毒性主要是阻斷細胞對氧的利用，但不是透過阻止氧傳播發生的，而是阻止電子傳遞鏈把電子傳遞到氧氣。就好比碳水化合物是三峽水庫（電子庫），氧氣則是大閘下面空空的水道，有氧呼吸就是開閘放水，利用水能發電（ATP），順便拿點水出去用（還原氫），氰化物的作用不是堵塞了大閘，而是把大閘裡的發電機組搬走了。。。

這也就是為什麼氰化物對植物甚至酵母都有毒的原因。氰化物汙染，真的可以做到寸草不生。

其實氫氰化物的毒性是非常大的，為什麼呢。我拿蛇毒來做比較，蛇毒有神經毒素和血毒素，前者透過蛇毒中的神經化學物質作用於人體的神經突觸上，直接阻斷和干擾控制心血管和呼吸的神經元細胞的作用導致窒息死亡，血毒素更簡單了，直接在血管中形成血栓造成死亡。扯遠了，那麼氰化物又是什麼原理呢。

職業中的氰化物中毒通常是透過呼吸道，當然高濃度也可以透過面板吸入體內。生活中的氰化物中毒是靠口服進入，口腔粘膜和消化道充分把它們吸收。然後毒素就進來了。氰化物進入人體後會離解出CN離子，這和重金屬離子中毒的絡合物反應類似。CN和細胞中的細胞色素p450中的三價鐵離子結合，使得其失去傳遞電子的能力，導致細胞無法再與氧原子結合導致細胞在內部缺氧，這主要針對線粒體。同樣，CN離子能有效抑制細胞內部幾十種酶的活性，尤其是氧化酶對CN最為敏感，就是與三價鐵離子結合，阻止了它還原為二價鐵離子，直接導致其與氧氣無法結合，第一個作用是細胞線粒體因為缺氧而無法為細胞代謝生產能量，細胞內部化學反應中斷，即細胞內死亡，第二作用是血液失去運送氧原子的能力，人體缺氧，這就是氰化物中毒死亡者血液呈現鮮紅色的原因，大量氧無法被血液帶走進入內臟和大腦參與人體活動。然後最致命的就是大腦缺氧了，大腦對氧十分敏感，氰化物中毒大腦的神經元細胞缺乏氧大量死亡，呼吸作用和人體各機能的中樞死亡，最後氰化物在消化道中離解中的氫氧化物具有腐蝕性，多種因素疊加導致人死亡。