1、無病栽培。根線蟲的傳播途徑包括病土、病苗，因此防治根線蟲首先要選用優質（抗病）品種，在無病的土壤播種定植。2、實行輪作。在年限較長的溫室大棚，長期處於高溫高溼的環境，利於根線蟲生存繁殖，建議實行2～5年的輪作。芹菜、瓜類、胡蘿蔔、茄果類是高感根線蟲菜類，而蔥、蒜、韭菜、辣椒、水生蔬菜和禾本科類作物是抗根線蟲病類，交替種植能夠減輕蟲害的壓力，從而減輕下茬為害。3、水淹。根線蟲喜氧好氣，對地表10釐米和更深層土壤灌1個月以上的水可一定程度上降低根線蟲的威脅。至於溫室大棚，可將墒面起成30㎝高的壟子，然後將溝內淹水，覆蓋地膜，密閉棚室20天，經過夏季高溫和水淹可殺死蟲、卵。4、深翻耕土。根線蟲主要生存在5-30釐米深的土層中，將土壤中的成蟲、卵翻入深層土壤，可以殺死一定的蟲、卵。5、加強肥水管理。增施充分腐熟的有機肥，提高土壤中的有機質，提高作物抗病、蟲的能力。6、及時清理病株。因為植株本身、雜草都是根線蟲的寄生體，所以要將病根、病葉、病株拿出田塊集中深埋或燒燬，減少蟲源。7、在作物播種或移栽前用盈輝殺線劑顆粒溝施、穴施或全田撒施。若作物在生長期受根線蟲危害，則用盈輝殺線劑水劑兌水灌根、衝施。

根腐病，建議保守治療，用甲霜惡黴靈，咯菌腈，絡氨銅，咪鮮胺，乙蒜素，氯溴異氰尿酸，寡雄腐黴菌，枯草芽孢桿菌等灌根防治。根腐線蟲，常常是由於根結線蟲侵染造成的傷口，從而導致細菌，枯萎病菌等土傳病原菌的複合侵染導致爛根，用阿維毒死蜱，噻唑膦灌根防治根結線蟲