滿清和德川幕府在初建時期均把握了對方的國情和國策，即清初中國缺乏海上擴張的實力和意向，1而日本則以閉關鎖國衛護國家的統一。由此兩國都採取相對保守的外交政策。與此同時，由異族作為最高統治者的清初中國，傳統的“夷夏之辨”觀念失去它在政治意識形態中的應有地位。而江戶時代的日本，由於強烈意識到滿清入主中原建立了全國性的政權並統治了中國，原有的“夷夏之辨”意識增強，認為中國“先王禮文冠裳之風悉就掃蕩，辮髮腥羶之俗已極淪溺”；2視明清鼎革為“韃虜橫行中原，是華變於夷之態也”，並由此形成“華夷變態”的中國觀。3中日兩國關係中的潛在對抗性因素也因此更趨加劇。政治上，德川幕府力圖與琉球、北韓建立並維持以日本為中心的東亞國際關係秩序，以對抗清代中國的朝貢體制。經濟貿易上，德川幕府為保護國內資源，不斷以出臺新的舉措對中日長崎貿易進行嚴格管制。對於前者，清中前期的最高統治集團保持了沉默；對於後者，則被迫屈從。明代中國對室町幕府時代戰亂的日本居於優勢地位，所謂“是彼有資於我，而我無資於彼。忠順則禮之，悖逆則拒之，不易之道也”。4但清代中前期出於國家統治極為重要的錢制對“洋銅”的迫切需要，卻只有屈居不斷地適應愈來愈嚴厲的日本對長崎貿易管制的被動地位。5因此，中日兩國在傳統觀念意識和現行經貿活動上的地位發生倒置性的變化，中國傳統上對日本的優越感在政治文化和經濟上喪失了保障其存在的前提和基礎。6另外，德川幕府的嚴厲鎖國政策導致有清以來二百年間中日兩國政府間關係隔絕，除維持對雙方均有需求的長崎貿易外，兩國再無任何政府和民間的交通渠道。從而日本成為清代中前期中國對外關係中唯一的例外。

1853年"黑船事件"美國打開了幕府日本的封閉外交。1868年倒幕成功後明治天皇展開了全盤西化的維新改革。

1895年甲午戰爭是清日關係的轉折點。之前兩國是對等的，但清廷仍以天朝上國自居，輕視日本；雖比不上隋唐，清對日本仍是不可撼動的大國。同是閉關鎖國，來往也不多。

甲午戰敗後舉國震驚。彼時日本已是東方第一強國(日俄東北戰爭維護其地位)，清廷不得不重新審視老鄰居，轉而在維新中傾向以日為師，甚至庚子事變後轉向恐日。其間上下層交流日密；日本自覺吞併不了大清，但優越與信心暴漲(直至9.18生吞象之心)，此後日本以東亞老大的姿態頻頻插手中華事務。