題主的腦洞很大啊。蝙蝠俠的綜合實力在名偵探柯南當然是逆天的存在，不論是財力、名望、可用的勢力、個人的戰鬥技巧和頭腦，這些東西加起來，是個黑衣組織夠不是什麼大事。當然，如果蝙蝠俠什麼都不用只能靠自己的話或許黑衣組織還有獲勝的希望。

柯南的世界裡大家都是凡人，沒什麼超能力，除了阿笠博士的一些高科技發明能讓人眼前一亮，不過這些在蝙蝠俠面前都是玩具。財力的話園子的家族或許可以拼一拼，在劇場版《業火的向日葵》有比較好的體現。而蝙蝠俠的總財富有92億美元。

如果要論綜合實力的話，蝙蝠俠打個電話，他的朋友們就把黑衣組織的擺平了。畢竟凡人鬥不過超能力啊！

雖然這個問題腦洞很大，但是我個人認為如果蝙蝠俠穿越到名偵探柯南的世界裡，絕對是碾壓組織的存在。

首先我們看一下，名偵探柯南里的黑衣組織其設定是什麼。

黑衣組織是一個籠罩擁有半個世紀以上歷史的跨國犯罪組織，並因此受各國安全部門的警惕與監視。

但可以看出黑衣組織的勢力廣泛、資金雄厚。現階段看來黑衣組織的主要行事風格有操控重要人物的生死，再暗中以金錢收買，開發不知目的的藥物以及足以影響全人類未來的程式。

雖然在柯南的世界裡，黑衣組織給人感覺有一種高深莫測無從下手且戰力雄厚的味道，但是從蝙蝠俠的角度來看，對其而言也不過是一個大一些的犯罪團伙而已。

其實蝙蝠俠中我個人主觀認為，有兩個知名反派與黑衣組織類似，乃至勝過黑衣組織。

數次侵佔了哥譚的黑麵具與活有700歲的刺客聯盟首領拉爾斯·艾爾·古爾。

當然如果衍生到整個DC宇宙，則這樣的敵人就更多了。

當過美國總統、最聰明人類之一的盧瑟、以拿破崙、亞歷山大等身份活於地球5萬年的汪達爾·薩維奇等等，每一個組織單獨拿出來都可謂碾壓黑衣組織幾十條街。

哪怕以最為極端的角度來看，蝙蝠俠失去了所有金錢給他帶來的外怪，蝙蝠俠依舊是黑衣組織無法比擬的人物。

蝙蝠俠擁有超越同期奧運冠軍的終極體能、全世界最聰明人類之一的智慧、能抵抗精神控制與精神攻擊的不屈意志、精通127種武術無數語言以及世界級犯罪大師和反犯罪偵探大師。

因而我個人認為，如果蝙蝠俠穿越到了柯南的世界，且還具備金錢與科技的優勢，絕對有能力碾壓黑衣人組織。但如果蝙蝠俠只是孤身一人，限於情報的問題，可能只剷除一個日本分部，但無法一口氣消滅所有黑衣組織。