電影開頭是金剛的回憶，回憶小時候父母死亡的場景。

鏡頭轉到現在，從金剛的視角再現了哥斯拉和基多拉在大洋上的戰鬥，這場戰鬥波及到了骷髏島，骷髏島人類死傷慘重，金剛沒有來得及救出所有人。金剛還做了一個夢，夢裡拉頓穿越回來嘶吼著告訴金剛：你對哥斯拉的看法是正確的！魔斯拉是關鍵！！最後，金剛認為哥斯拉也是邪惡的，要幹掉哥斯拉。

金剛找到了一塊可以抑制核能反應的巨石，綁在一棵大樹上，做成了一個長矛，去大戰哥斯拉。哥斯拉不敵，眼看就要被金剛一矛捅死，復活的魔斯拉來勸架。金剛終於明白哥斯拉也是正義上，是站在人類一邊的，握手言和。

反派科學家老頭見狀大怒，道：“既然猩猩不能殺死哥斯拉，那就讓毀滅日·基多拉來吧！”光頭科學家放出了用基因技術復活的更加強大的毀滅日·基多拉，但毀滅日·基多拉根本不受控制，造成了大規模的破壞。

哥斯拉，金剛，魔斯拉三隻聯手也打不過毀滅日·基多拉。最後還是哥斯拉犧牲自己，和毀滅日·基多拉同歸於盡了。

人類為哥斯拉舉行了隆重的葬禮。金剛和魔斯拉預感到未來還會有更強大的敵人來侵略地球，遂決定去尋找地球上的其他怪獸，組成“怪獸聯盟”。

反派科學家老頭被關進監獄，他在監獄裡呈現半瘋狀態，成天嘀咕：“他們要來了，他們真的要來了！喪鐘已經敲響，就不會停下，叮叮叮，叮叮叮。”

彩蛋，埋葬哥斯拉的那片地面，泥土忽然全都飄了起來，地縫間冒出藍光，預示哥斯拉在下一部會復活。

電影開頭是金剛的回憶，回憶小時候父母死亡的場景。

鏡頭轉到現在，從金剛的視角再現了哥斯拉和基多拉在大洋上的戰鬥，這場戰鬥波及到了骷髏島，骷髏島人類死傷慘重，金剛沒有來得及救出所有人。金剛還做了一個夢，夢裡拉頓穿越回來嘶吼著告訴金剛：你對哥斯拉的看法是正確的！魔斯拉是關鍵！！最後，金剛認為哥斯拉也是邪惡的，要幹掉哥斯拉。

金剛找到了一塊可以抑制核能反應的巨石，綁在一棵大樹上，做成了一個長矛，去大戰哥斯拉。哥斯拉不敵，眼看就要被金剛一矛捅死，復活的魔斯拉來勸架。金剛終於明白哥斯拉也是正義上，是站在人類一邊的，握手言和。

反派科學家老頭見狀大怒，道：“既然猩猩不能殺死哥斯拉，那就讓毀滅日·基多拉來吧！”光頭科學家放出了用基因技術復活的更加強大的毀滅日·基多拉，但毀滅日·基多拉根本不受控制，造成了大規模的破壞。

哥斯拉，金剛，魔斯拉三隻聯手也打不過毀滅日·基多拉。最後還是哥斯拉犧牲自己，和毀滅日·基多拉同歸於盡了。

人類為哥斯拉舉行了隆重的葬禮。金剛和魔斯拉預感到未來還會有更強大的敵人來侵略地球，遂決定去尋找地球上的其他怪獸，組成“怪獸聯盟”。

反派科學家老頭被關進監獄，他在監獄裡呈現半瘋狀態，成天嘀咕：“他們要來了，他們真的要來了！喪鐘已經敲響，就不會停下，叮叮叮，叮叮叮。”

彩蛋，埋葬哥斯拉的那片地面，泥土忽然全都飄了起來，地縫間冒出藍光，預示哥斯拉在下一部會復活。