有機肥料在無公害農產品生產中起著重要的作用，主要表現在以下方面： (1)提供作物生長所需要的養分。有機肥料施入土壤，經微生物分解，可源源不斷地釋放出各種作物生長所需的養分，同時還釋放出大量的二氧化碳，供作物吸收利用和促進作物光合作用，提高作物產量。 (2)改良土壤，培肥地力。有機肥料中的有機質，在分解轉化過程中形成的腐殖質，能促進土壤團粒結構形成，改善土壤的理化性狀，增強土壤保肥、保水效能，改善土壤耕性和提高土壤保溫能力，從而達到培肥地力的作用。 (3)提高化肥利用率。有機肥料與化肥配合施用，緩急相濟，互相補充，可顯著提高化肥的肥效。 (4)提高作物產量，改善作物品質。有機肥料在分解轉化過程中改善和優化了作物營養條件，不僅增加作物對養分的吸收，增強新陳代謝，刺激生長髮育，還大大提高農產品的品質。 (5)增強微生物活性。一方面增加土壤中有益微生物數量；另一方面為土壤微生物的活動創造良好的環境條件，增強土壤微生物活性，促進作物根際營養，提高土壤微生物對有機肥料的分解轉化能力。 (6)防止環境汙染，改善城鄉衛生條件。有機物質特別是人畜糞尿和有機廢棄物，既是肥源，也是汙染源。因此，充分利用有機肥料，是變廢為寶，提高環境質量的有效措施。 此外，大量施用有機肥料還可有效協調有機肥料和無機肥料的結構矛盾，增加養分的有效供給，緩解耕地缺磷少鉀的矛盾。因此，施用有機肥料具有很大的經濟效益、社會效益和生態效益。