原因：一，多爾袞是清朝開國先祖之下一，有資格被供奉。

二，在多爾袞的支援下愛新覺羅氏·福臨（順治皇帝）登上皇位，多爾袞對順治有恩。

三，順治對多爾袞有愧疚，希望供奉多爾袞減少自己的作孽，順治掌權後對多爾袞挖墳掘墓，並且鞭屍。

有一句講一句，《康熙王朝》的歷史常識真的就是一堆笑話。題主發現了奉先殿三幅畫像有多爾袞，不錯，這雖然違背歷史但是劇情需要，也就罷了。你知道另兩幅是誰嗎？你以為努爾哈赤和皇太極，錯了，右邊的是乾隆，左邊的不詳，但應該不是皇帝。

（奉先殿內三幅畫像）

這是《康熙王朝》第三集奉先殿內三幅畫像。中間的確實是多爾袞，左邊的看不清楚，右邊的倒是很明顯，就是這位：

（乾隆畫像）

這張也算是乾隆標準像了。乾隆的畫像居然出現在順治時期，還是奉先殿內被當做祖先供奉，真是滑天下之大稽。

（多鐸畫像）

左邊那幅畫，看不清楚。但是上圖這張多鐸的畫像是不是跟那個有點像。這就是我要說明的，這種動作、姿勢、服飾，並不是皇帝的標準像，往往是功臣的影象。一般供奉在殿堂的皇帝的標準像都是正面的（那些遊獵、玩樂圖除外）。

言歸正傳了，奉先殿那場，從劇情上來看，順治向孝莊哭訴自己被多爾袞如何壓迫，如何沒有自尊。多爾袞死後，自己將多爾袞鞭屍洩恨。但最後還是不得不把多爾袞供奉在奉先殿。以此來表達自己多麼無奈，做皇帝很難。進而說明董鄂妃是唯一懂他的人。失去了董鄂妃自己無法繼續做皇帝，所以要出家。

這是劇情。而實際上，與歷史有很大出入。歷史上，多爾袞死於順治七年底，外出狩獵途中。隨後，順治給他上了尊號，追封為“清成宗”，諡懋德修遠廣業定功安民立政誠敬義皇帝。這時候，多爾袞確實可以進入奉先殿被後世皇帝供奉。

但是，僅僅兩個月後，蘇克沙哈等原多爾袞舊部舉報多爾袞謀反罪狀，久受壓迫的順治立刻定下多爾袞十餘條大罪，將其爵位剝奪，逐出宗室，掘墳鞭屍洩恨。多爾袞所領的正白旗也被順治收編，與皇帝親掌的正黃、鑲黃旗併為上三旗。家族全部獲罪。所以，這以後，多爾袞都是獲罪之人了，怎麼可能在奉先殿裡呢？

多爾袞平反要到乾隆年間，但是即使那時候，也僅僅恢復了睿親王的封號。跟皇帝也沒關係了，自然也沒有資格被供奉在奉先殿裡。因此，電視劇看看就好。