在當時的東漢版圖上，涼州是漢朝連線西域地區的重要樞紐。

在公元1世紀之初，由於涼州地區羌人越來越多，地方軍事官又處置不力，加之東漢撤出了西域都護府，涼州地區幾乎被漢朝擱置了。這是三國前，涼州的狀態。

到了東漢延熹九年（166），鮮卑人與羌人聯合入侵東漢，漢恆帝派兵鎮壓，此時董卓出任涼州司馬，屯兵涼州。

董卓離開涼州後，涼州地區一直沒有安穩過，出現了多個小軍閥。其中出名的有韓遂、楊秋、馬超等，此時的涼州幾乎處於軍閥割據的局面。

赤壁之戰後，曹操帶兵西進，而當時涼州的馬超是曹操的盟友。但曹操一心想拿下涼州，便與馬騰、馬超廢除盟約，帶兵進入涼州，並打敗了以馬超、韓遂為首的涼州主力軍，從此涼州正式歸入曹魏。

到了曹魏黃初元年，曹丕將涼州地區重新劃分，併成立雍州，後來涼州地區一直處於魏的管理之下。

涼州自東漢王朝建立起就比較“特殊”，因為在兩漢交替之際的動亂中，竇融集團盤踞河西涼州，其內修自守的策略比較成功，避免了涼州地區陷入無休止的戰亂，尤其當漢光武帝有意進圖隗囂、公孫述時，竇融審時度勢，主動歸降，從側翼保證了漢軍西征的勝利，也保全了集團高層的家族利益。

然而，涼州地區和平安寧的局面，在東漢末年被打破，漢靈帝中平二年，涼州地區的“群盜”聯合羌胡部落反叛，殺護羌校尉泠徵和金城太守陳懿，推舉北宮伯玉、李文侯為將軍、邊章、韓遂為軍政，整個涼州乃至隴西地區大亂，甚至朝廷上竟出現了“棄涼”之意。

其後，在朝廷大張撻伐的威勢下，亂軍中出現意見分歧乃至內訌，韓遂率心腹部眾，襲殺了北宮伯玉、李文侯、邊章，與本是政府軍叛將的原涼州司馬馬騰所部聯合，當韓、馬聯軍攻打重鎮陳倉時，被皇甫嵩的政府軍打敗，死傷慘重，只得投奔當時正積極發展個人勢力的董卓，得以暫時棲身。亂軍中另一首領宋建，則恥於投降，率部脫離韓遂，長期盤踞枹罕，甚至改元稱王達三十餘年，直到建安十九年，曹操部將夏侯淵西征，於當年十月攻陷枹罕，斬宋建，所謂“涼州民變”才算最終結束。（建安年間，韓遂、馬超反抗曹操，主要戰場在關中，故不算涼州動亂）。

自曹魏到西晉，涼州地區的最高行政長官依次是蘇則、溫恢、王琰、徐邈、李憙、胡喜、張軌，其間雖有小股叛逆事件發生，終未能釀成大禍，直到西晉時天下洶洶，張軌得趁機固守涼州，成一方安寧祥和之地。