木耳菌不同生長髮育階段對水分要求不同。一般菌絲生長階段培養基水分含量以60%為最適。水分過多，通氣不良甚至造成水分積累於袋的底部，使菌絲生長遲緩或不能生長到底。也常常造成菌絲無氧呼吸使栽培料發酸，變味(酸、臭)。培養基水分過少，菌種恢復得慢，特別是在母菌轉原菌的培養基中水分過少，可造成母菌不萌發、不成活。原種擴栽培種也常因水分含量少，接種後栽培種不成活，即使成活了，生長滯緩，菌絲生長纖細、發灰、

顏色不正、菌袋非常輕。催芽階段，出芽緩慢，口易風乾，造成減產。

催芽階段水分主要是空氣相對溼度，一般以相對溼度保持70%左右為最適。水分過高，通氣不良易感染黴菌，造成催芽失敗，水分過低，菌袋開口處易風乾。耳基形成封口以後對水分要求加大。一般要求相對溼度85%，過幹影響子實體發育，過溼在高溫情況下易感染黴菌,造成汙染。這個階段最合理的水分狀況是乾溼交替。相對溼度大時應通風換氣控制黴菌，相對溼度小時,澆水增加溼度。

在自然條件下，黑木耳子實體由原基形成到發育成熟，往往不能透過一次兩次降雨或一次兩次澆水來完成。雨過天晴之後，空氣相對溼度下降，子實體水分很快蒸發，幹縮後停止生長髮育，處於暫時休眠狀態。由於黑木耳耐旱,三五個月不下雨也不會死亡。當再次下雨時，它又可以吸水膨脹繼續生長髮育了。