主要可分為五類。

　　1、佛傳故事：主要宣揚釋迦牟尼的生平事蹟。其中許多是古印度的神話故事和民間傳說，佛教徒經過若干世紀的加工修飾，附會在釋迦身上。一般畫“乘象入胎”、“夜半逾城”的場面較多。第290窟（北周）的佛傳故事作橫卷式六條並列，用順序式結構繪製，共87個畫面，描繪了釋迦牟尼從出生到出家之間的全部情節。這樣的長篇鉅製連環畫，在中國佛教故事畫中是罕見的。

　　2、本生故事畫：是指描繪釋迦牟尼生前的各種善行，宣傳“因果報應”“苦修行善”的生動故事。也是敦煌早期壁畫中廣泛流行的題材，如“薩捶那捨身飼虎”、“屍毗王割肉救鴿”、“九色鹿捨己救人”、“須閣提割肉奉親”等。雖然都打上了宗教的烙印，但仍保持著神話、童話、民間故事的本色。

　　3、因緣故事畫：這是佛門弟子、善男信女和釋迦牟尼度化眾生的故事。與本生故事的區別是：本生只講釋迦牟尼生前故事；而因緣則講佛門弟子、善男信女前世或今世之事。壁畫中主要故事有“五百強盜成佛”、“沙彌守戒自殺”、“善友太子入海取寶”等。故事內容離奇，情節曲折，頗有戲劇性。

　　4、佛教史蹟故事畫：是指根據史籍記載畫成的故事，包括佛教聖蹟、感應故事、高僧事蹟、瑞像圖、戒律畫等。包含著歷史人物、歷史事件，是形象的佛教史資料。這類畫多繪於洞窟龕內四披、甬道頂部和角落處次要地方。但有的也繪於正面牆壁，如第323窟的“張騫出使西域圖”、“佛圖澄”和第72窟的“劉薩訶”等。

　　5、比喻故事畫：這是釋迦牟尼深入淺出、通俗易懂地給佛門弟子、善男信女講解佛教教義所列舉的故事。這些故事大都是古印度和東南亞地區的寓言、童話，被佛教徒收集記錄在佛經裡，儲存至今。敦煌壁畫中的比喻故事有“象護與金象”，“金毛獅子”等。