從地質構造上看，貝加爾湖是亞洲地殼沿著一條斷層慢慢拉開的斷谷凹部，一個深入到地下15至20公里深處的大裂口。貝加爾湖裂縫在大約2500萬年前的前冰河時代形成，所以貝加爾湖是地球上最古老的湖之一。貝加爾地區還是地球上地震最活躍的地區之一，地震最大達到里氏11級。貝加爾湖是地球上最深的湖。

貝加爾湖位於俄羅斯東西伯利亞南部，是亞歐大陸上最大的淡水湖。貝加爾湖湖型呈狹長彎曲狀，宛如一彎新月，所以又有“月亮湖”之稱。貝加爾湖面積約3.15萬平方千米，平均深度744米，最深點可達1642米。貝加爾湖也是地球上最深的湖，擁有世界上近1/5的淡水，堪稱地球上最大的“淡水蓄水池”。

20世紀90年代初期，科學家們對貝加爾湖進行科學鑽井研究，對其取出的巖芯樣品實驗分析得出，貝加爾湖的沉積地層中沒有中生代的沉積地層，只有新生代的沉積地層。而且，確定了其湖盆形成於2000萬年至2500萬年前，因此貝加爾湖成為了地球上最古老的湖泊之一。

現在比較認可的貝加爾湖形成原因是由於歐亞板塊和印度板塊碰撞後，歐亞板塊內部受損的部分形成了一些小的板塊，並逐漸與歐亞大陸分開，最終形成了貝加爾裂谷帶。而貝加爾湖是其中的一個內陸湖，是一個比較典型的由於地殼斷裂活動所形成的斷層湖，是在構造陷落的基礎上由河流逐漸衝淤而形成的。

據有關資料統計，有“天然實驗室”之稱的貝加爾湖，其湖中有植物600多種、水生動物1200餘種，其中3/4為貝加爾湖特有的，形成了其獨一無二的生物種群，這一動物群對於進化科學具有不可估量的價值。同時，貝加爾湖底積累了大量的沉積物，其中的矽藻類植物殘骸和凍結的沼氣是研究亞歐大陸古氣候、古環境，掌握全球氣候變化規律的寶貴資源。

現在，關於貝加爾湖的形成原因還存在很多不同的意見，相信隨著進一步科研工作的展開，未來會對其研究的更為明確具體。

貝加爾湖是斷裂構造湖，形成於2500萬年前的地殼運動。距今8000年前，地球一日之間翻轉，導致全球史前大洪水，海水洄逆大陸，4千多米洪峰造成全球生物大滅絕（僅高山及高原文明得以儲存），給貝加爾湖帶來水下海洋生物及內陸水系淡水生物，待海水退去，貝加爾湖四周1~3千米高的山脈留住了海洋生物和異地內陸淡水生物。歷經幾千年時間，海水逐漸被300多條河水流入淡化，海洋生物逐漸適應淡水環境。因比，貝加爾湖形成既有海豹、海蝦、海螺、海藻、鯊魚等海洋生物，又有各類遠陸淡水生物的獨有奇觀！也是為什麼這裡地質層近萬年來一直是內陸，島上也無北極熊、海鳥等純陸地上生活的海洋生物的原因！