題主如果是庫內大蒜已經完全出庫的情況下，只要完成氣味處理、溫度、溼度除錯後，是可以繼續存放大蒜的；如果是大蒜未能完全出庫的情況下，是建議題將蘋果和大蒜做混藏處理的，主要有以下幾方面的原因：

首先，蘋果和大蒜都屬於氣味易揮發類果蔬，相互之間很容易產生氣味交叉汙染，如混藏需要對庫內做氣味隔離的措施（單獨的定製化處理，成本極高）；

其次，蘋果的貯藏適宜溫度是-1~1℃之間，而大蒜的貯藏溫度在-3℃~-1℃之間，兩者交集較小，如混藏需要對庫內溫度做精細化管理（如鮮易供應鏈的冷庫多溫帶處理方式等）；

再次，蘋果的貯藏相對溼度要求是85%-95%，而大蒜的貯藏相對溼度是60%-65%之間，兩者溼度需求沒有交集，如需要對庫內做多溼度控制（人工或定製開發溼度管控系統）。

再深入說一點，對於冷庫的運營商來說，原則上是不建議甚至是禁止在同一庫倉區果蔬混藏。但是實際情況大多是，生產商為了節省貯藏費用或貨物進出方便等原因，通常都選擇同一貯藏區域內混藏，不過，混藏是需要對貨物以下方面的要求：

第一是溫度方面：果蔬的貯藏需要明確最低的庫藏溫度，不同果蔬對低溫的耐受情況都不同，可以參考下面的分類，對不同型別的果蔬選用最合適的低溫標準進行混藏。

室溫下可貯藏（洋蔥、土豆等果蔬）對低溫不敏感（蘋果、梨等溫帶水果）對低溫敏感（橙子、菜豆等果蔬）對低溫高度敏感（香蕉、芒果等熱帶水果）其他特殊的水果和蔬菜（如，菠蘿）

第二是風味汙染方面：蘋果、柑橘、洋蔥、大蒜的味道都極易被其他果蔬吸收，就是我們口頭常說的串味，風味汙染將會影響果蔬的品質，在沒有做有效的風味隔離措施前提下，以下果蔬是不可以混藏的：

蘋果和芹菜、橄欖、土豆等；芹菜和大蔥、胡蘿蔔等；蔥、蒜和其他果蔬。

第三是溼度方面：果蔬在貯藏過程中，不可避免的會產生水分蒸發，就是我們俗稱的"乾耗"，為了降低乾耗的影響，冷庫通常會採用調節庫內溼度的方式來保障果蔬的相對溼度，但不同果蔬對溼度也有著不同的貯藏要求，因此混藏時，溼度也是需要考慮的重要元素之一。

第四是乙烯敏感度方面：乙烯可以加速果蔬的成熟和衰老，因此，不應把可以產生乙烯的果蔬與對乙烯敏感的果蔬混藏。

個人拙見，如有不到之處，還望題主見諒。