醫院有多個科室，根據大的分類可分為臨床科室和輔助檢查科。臨床科室一般分為內科、外科、婦科、兒科和小型專業科室。內科主要分為心臟科、呼吸科、血液科、消化科、內分泌科和風溼免疫科。外科包括普通外科，而普通外科又分為多種型別，包括胃腸外科、肝膽外科、腹壁疝科、大腸科等。不同的醫院有不同的分佈。除普通外科外，又分為骨科，骨科又分為關節科、脊柱科、神經外科、胸外科和心臟外科，是外科的主要科室；婦科又分為婦科科室和產科綜合婦產科；

醫院科室有很多，基本可以分為三大類：

一.門診科室。門診科室又可以分幾大類。1.內科。內科又分普內科，消化內科，呼吸內科，神經內科，腎內科，心血管內科，血液科，甲狀腺專科，疼痛科，口腔科2.外科。外科又分為普外科，肛腸科，骨科，神經外科，胸外科，口腔頜面外科，泌尿外科，肝膽外科，足踝外科，手外科，脊柱外科，甲乳外科，燒燙傷科，整形外科。3.針對特殊人群的科室。婦科，產科，男科，兒科，老年病科，精神科，心理科。4.內外科兼涉但一般不分開的:眼科，耳鼻喉科，面板科，生殖科5.中醫科，急診科

二.醫技科。就是配合其他科室或者手術的科室，一般不設門診，包括藥劑科，輸血科，消毒供應室，檢驗科，放射科，超聲科，核磁共振室，驗光配鏡中心，CT室，營養科，內鏡科。

三.功能性科室。就是醫院執行與發展要設的科室。財務室，醫務科，司法鑑定所，體檢中心等。

當然還有一些比較高階的，移植科，核醫學科，介入科，變態反應科，運動醫學科，一般的醫院是不會設的。