據各方媒體報道,25日凌晨,利比亞執政當局已將卡扎菲及其兒子穆塔西姆和前國防部長尤尼斯的遺體埋葬在利沙漠深處一個秘密的地方,親卡扎菲的3名宗教人士在埋葬前為其舉行了簡單的宗教儀式,被執政當局抓獲的卡扎菲的兩名堂兄弟也在場,他們都被要求發誓永不洩露墓地位置,最後由4-5輛軍車將3人的遺體運到了埋葬地點下葬。執政當局對秘密埋葬的解釋是為了避免墓地今後成為卡扎菲追隨者的“聖地”或遭到反對者的破壞。

以後他的子民想起了他的好，再高價給克隆了怎麼辦？就算不克隆，以後挖出來重修個墓碑紀念的話你讓老美他們臉往哪放？

因為當時的利比亞反對派怕其死後被人所利用，對利比亞再次造成動亂，所以聽從了西方的建議，並獲得國際刑事法院允許後，對卡扎菲進行秘密埋葬。

2011年10月20日當地時間夜裡1點30分，由於利比亞全國過渡委員會的反對派武裝控制了親卡扎菲最後一個據點巴尼瓦利德鎮，卡扎菲被迫逃亡。在逃亡過程中，美國迅速連同北約情報部門對卡扎菲的衛星電話進行了定位，並且利用美軍無人機對其車隊進行了打擊，導致卡扎菲被迫步行逃亡，最後在一個涵洞被反對派武裝圍堵，並最終被捕。

在捕獲過程中，由於現場十分混亂情緒過激的反對派士兵向其連開數槍，叱吒利比亞42年的強人卡扎菲就此落下帷幕。

在卡扎菲死後，當時的利比亞反對派拒絕聯合華人權事務委員會等部分國際組織對其進行檢查的要求，只是依照習俗在簡單的清洗後，在米蘇拉塔的一個冷凍室裡進行公開展示四天，證明卡扎菲正式死亡。而在公開展示期間，有成千上萬的利比亞民眾前往米蘇拉塔，為看卡扎菲最後一面。

在4天的展示過程中，國際特赦組織和聯合華人權事務委員會強烈要求對卡扎菲進行檢查，以確定死亡真相，但是遭到了利比亞反對派的拒絕。最終只允許利比亞首席法醫病理學家金塔尼在距離下葬前不到24小時進行屍體檢查，檢查後反對派除了對外公佈卡扎菲死於頭部和腹部槍傷外，並沒有任何其他表態。

10月25日上午，卡扎菲被利比亞反對派秘密運往米蘇拉塔西部的沙漠地帶，在進行了極其簡短的儀式後，埋藏在不為人知的沙漠當中。而參與儀式的只有4個人，這些人都已經發誓不會透露地點。

關於秘密埋葬問題，當時利比亞全國過渡委員會新聞部長馬哈茂德·沙瑪姆表示，卡扎菲不應該被埋葬在墓地中，不應該被埋在任何一個能知道的地方，因為那樣會引來追隨者的祭拜，從而加重利比亞的動亂。

時任美國國務卿希拉里在看到關於卡扎菲死亡的影片後，大笑著說：

卡扎菲死後，利比亞在2014年陷入第二次內戰，目前已經造成數萬人死傷。