流式細胞儀的資料顯示方式有如下幾種：
（一）單引數直方圖
單引數直方圖是一維資料用得最多的圖形顯示形式，既可用於定性分析，又可用於定量分析，形同一般X-Y平面描圖儀給出的曲線。根據選擇放大器型別不同，橫座標可以是線性標度或對數標度。用“通道”來表示，實質上是所測的熒光或散射光的強度。縱座標一般表示的是細胞的相對數。只能顯示一個引數與細胞之間的關係是它的侷限性。
（二）雙引數直方圖
雙引數直方圖是一種細胞數與雙測量引數的圖形。常見有以下三種：
1.二維點圖：能夠顯示兩個獨立引數與細胞相對數之間的關係。橫座標和縱座標分別為與細胞有關的兩個獨立引數，平面上每一個點表示同時具有相應座標值的細胞存在。可以由二維點圖得到兩個一維直方圖，但是由於兼併現象存在，二維點圖的資訊量要大於兩個一維直方圖的資訊量。所謂兼併就是說多個細胞具有相同的二維座標在圖上只表現為一個點，這樣對細胞點密集的地方就難於顯示它的精細結構。
2.二維等高圖：類似於地圖上的等高線表示法。它是為了克服二維點圖的不足而設定的顯示方法。等高圖上每一條連續曲線上具有相同的細胞相對或絕對數，即“等高”。曲線層次越高所代表的細胞數越多。一般層次所表示的細胞數間隔是相等的，因此等高線越密集則表示變化率越大，等高線越疏則表示變化平衡。
3.假三維圖：是利用計算機技術對二維等高圖的一種視覺直觀的表現方法。它把原二維圖中的隱座標-細胞數同時顯現，但引數維圖可以透過旋轉、傾斜等操作，以便多方位的觀察“山峰”和“谷地”的結構和細節，這無疑是有助於對資料進行分析的。假三維圖列表模式其實只是多引數資料檔案的一種計算機儲存方式，三個以上的引數資料顯示是用多個直方圖、二維圖和假三維圖來完成的。
（三）三引數直方圖
目前，由於計算機軟體的發展，很多商品化的軟體均提供三引數直方圖功能，醫學教育"網蒐集整理意指這一類直方圖的三維座標均為引數而非細胞數。這種立體圖以點圖為顯示方式，同樣可以作全方位旋轉以便仔細觀察。
（四）流式細胞儀的多引數分析
當細胞標記了多色熒光在流式細胞儀上被鐳射激發後，所得到的熒光訊號和散射訊號可以根據需要組合分析以獲得所需的資訊，這就是流式細胞儀的多引數分析。
流式細胞儀的資料顯示方式有如下幾種：
（一）單引數直方圖
單引數直方圖是一維資料用得最多的圖形顯示形式，既可用於定性分析，又可用於定量分析，形同一般X-Y平面描圖儀給出的曲線。根據選擇放大器型別不同，橫座標可以是線性標度或對數標度。用“通道”來表示，實質上是所測的熒光或散射光的強度。縱座標一般表示的是細胞的相對數。只能顯示一個引數與細胞之間的關係是它的侷限性。
（二）雙引數直方圖
雙引數直方圖是一種細胞數與雙測量引數的圖形。常見有以下三種：
1.二維點圖：能夠顯示兩個獨立引數與細胞相對數之間的關係。橫座標和縱座標分別為與細胞有關的兩個獨立引數，平面上每一個點表示同時具有相應座標值的細胞存在。可以由二維點圖得到兩個一維直方圖，但是由於兼併現象存在，二維點圖的資訊量要大於兩個一維直方圖的資訊量。所謂兼併就是說多個細胞具有相同的二維座標在圖上只表現為一個點，這樣對細胞點密集的地方就難於顯示它的精細結構。
2.二維等高圖：類似於地圖上的等高線表示法。它是為了克服二維點圖的不足而設定的顯示方法。等高圖上每一條連續曲線上具有相同的細胞相對或絕對數，即“等高”。曲線層次越高所代表的細胞數越多。一般層次所表示的細胞數間隔是相等的，因此等高線越密集則表示變化率越大，等高線越疏則表示變化平衡。
3.假三維圖：是利用計算機技術對二維等高圖的一種視覺直觀的表現方法。它把原二維圖中的隱座標-細胞數同時顯現，但引數維圖可以透過旋轉、傾斜等操作，以便多方位的觀察“山峰”和“谷地”的結構和細節，這無疑是有助於對資料進行分析的。假三維圖列表模式其實只是多引數資料檔案的一種計算機儲存方式，三個以上的引數資料顯示是用多個直方圖、二維圖和假三維圖來完成的。
（三）三引數直方圖
目前，由於計算機軟體的發展，很多商品化的軟體均提供三引數直方圖功能，醫學教育"網蒐集整理意指這一類直方圖的三維座標均為引數而非細胞數。這種立體圖以點圖為顯示方式，同樣可以作全方位旋轉以便仔細觀察。
（四）流式細胞儀的多引數分析
當細胞標記了多色熒光在流式細胞儀上被鐳射激發後，所得到的熒光訊號和散射訊號可以根據需要組合分析以獲得所需的資訊，這就是流式細胞儀的多引數分析。