主線劇情有以下集數：
001 雲霄飛車殺人事件
002 董事長千金誘拐事件
013 奇怪的尋親殺人事件
043 江戶川柯南誘拐事件
048 外交官殺人事件（上集）
049 外交官殺人事件（下集）
054 電玩公司殺人事件
057 福爾摩斯迷殺人事件（上集）
058 福爾摩斯迷殺人事件（下集）
128 黑暗組織10億搶劫事件
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原哀出場）
130 競技場無差別脅迫事件(前篇)
170 黑暗之中的死角 （上集）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）
178 與黑暗組織的再會（解決篇）
188 性命交關的復活-洞窟內的偵探團
189 危命的復活_負傷的名偵探
190 危命的復活_第三種選擇
191 危命的復活_黑衣騎士
192 危命的復活_新一回來了
193 危命的復活_約定的場所
226 格鬥遊戲的陷阱（上集）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
230 謎一樣的乘客（上集）
231 謎一樣的乘客（下集）
242 元太的災難
258 來自芝加哥的男子（上集）
259 來自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遺物 （上集）
270 犯罪的遺物 （下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集）
272 急忙掩飾的忽略（下集）
277 英語教師VS西部名偵探（上集）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
279 迷宮的陰暗（上集）
280 迷宮的陰暗（下集）
286 工藤新一紐約事件（事件篇）
287 工藤新一紐約事件（推理篇）
288 工藤新一紐約事件（解決篇）
307 無聲的證據（前篇）
308 無聲的證據（後篇）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）
329金錢買不到的友情（上集）
主線劇情有以下集數：
001 雲霄飛車殺人事件
002 董事長千金誘拐事件
013 奇怪的尋親殺人事件
043 江戶川柯南誘拐事件
048 外交官殺人事件（上集）
049 外交官殺人事件（下集）
054 電玩公司殺人事件
057 福爾摩斯迷殺人事件（上集）
058 福爾摩斯迷殺人事件（下集）
128 黑暗組織10億搶劫事件
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原哀出場）
130 競技場無差別脅迫事件(前篇)
170 黑暗之中的死角 （上集）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）
178 與黑暗組織的再會（解決篇）
188 性命交關的復活-洞窟內的偵探團
189 危命的復活_負傷的名偵探
190 危命的復活_第三種選擇
191 危命的復活_黑衣騎士
192 危命的復活_新一回來了
193 危命的復活_約定的場所
226 格鬥遊戲的陷阱（上集）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
230 謎一樣的乘客（上集）
231 謎一樣的乘客（下集）
242 元太的災難
258 來自芝加哥的男子（上集）
259 來自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遺物 （上集）
270 犯罪的遺物 （下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集）
272 急忙掩飾的忽略（下集）
277 英語教師VS西部名偵探（上集）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
279 迷宮的陰暗（上集）
280 迷宮的陰暗（下集）
286 工藤新一紐約事件（事件篇）
287 工藤新一紐約事件（推理篇）
288 工藤新一紐約事件（解決篇）
307 無聲的證據（前篇）
308 無聲的證據（後篇）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）
329金錢買不到的友情（上集）