正常菌群致病條件主要是以下三點：

1 ）居住部位的改變：正常菌群進入泌尿道、腹腔、血流等

2 ）機體區域性或全身免疫功能下降：使用大量的皮質激素、抗腫瘤藥物、放射治療等；艾滋病患者

3 ）菌群失調：大劑量使用廣譜抗生素；長期服用抗生素

正常菌群（ Normal flora ）指在人體體表和體內寄居的微生物菌落。正常菌群是在長期歷史進化過程中形成的，一般而言，他們對宿主有益無害，屬生理性微生物群落。 人體中正常菌群的來源——當人出生後第一次與世界接觸時就獲得了正常菌群。某些微生物透過與人接觸而獲得 ( 如嬰兒與母親接觸 ) ，而其他則從食物獲得 ( 如配製的嬰兒食物 ) 或從接觸的各種物體 ( 如玩具 ) 獲得。

空氣中的微生物也有助於上皮細胞表面獲得正常菌群。經過多年延續，正常菌群就不斷髮展和精煉了。 機體內無正常菌群的器官：心臟、肝臟、腦、肌肉和生殖器官； 機體內無正常菌群的組織和其他部位：血液、腦脊液、受檢測的精液或在腎臟中的尿。 機體內有正常菌群的部位：與外界相通的表面或部位都具有正常菌群存在。包括：面板、黏膜、胃腸道、呼吸道、眼和耳的外部、與空氣接觸或空氣進入的生殖器官等。