缸藏

通常儲存馬蹄都是在採挖之後，最直接的方式就是攤放在缸裡12到15天左右，經過晾乾之後放進室內，陶缸放在一個通風並且乾燥的地方，正常是每80到100千克左右是最好的，加滿整個缸口，然後加蓋即可。應注意的是貯藏於陶缸中的馬蹄在貯藏前期呼吸作用旺盛，須把缸蓋揭開，以利通風透氣，在氣溫低冷的冬季缸內要覆蓋一層稻草保溫，陰雨天氣因空氣溼度大要及時揭蓋排溼，炎熱高溫季節要及時加蓋以防馬蹄球莖體內水分蒸發引起幹腐。在貯藏過程中，每隔25-30天須將陶缸內貯藏的馬蹄翻動檢查1次。按此方法貯藏，馬蹄的保鮮期可達半年以上。

窯藏

地窖儲存也不為一種好的儲存方法，在儲藏之前首先先噴一些多菌靈，然後用布子消毒，在地窖的最底層鋪上一層細細的土，並且放上20到25釐米厚度的馬蹄，一層馬蹄一層細土，如此反覆放，然後放好之後就可以蓋上窖口了。

沙藏

馬蹄還可以放在沙質土壤裡面儲藏，儘量模仿它原來的樣子，儲存在沙子裡，這樣儘量儲存了馬蹄原有的樣子，並且也比較適合馬蹄的存放，正常按照沙子5到7釐米的厚度，不斷疊放，一直不斷疊大概在不超過1米的樣子，儲存效果非常不錯。

溶液

要是喜歡乾淨一點的，保證沒有任何泥土雜質的，我們可以用溶液儲存法儲存，首先先清洗乾淨馬蹄，然後再適當的環境下用次氯酸鈉溶液中貯藏讓馬蹄保鮮，正常可以達到大半年的時間，稍微沒有那麼長時間的也能儲存個幾個月左右。

堆藏

馬蹄還有一種方式是堆藏，在挖回來稍微乾燥一點的時候，帶泥一起放在一個角落堆藏，四周圍好，然後用磚或者是泥巴圍起來，一層一層相間。