1、部門職能不同：財政局負責地方的財政工作，貫徹執行財務制度，按照政策組織財政收入，保證財政支出，管好用活地方的財政資金，促進工農業生產發展和各項事業發展。審計局主要負責地方政府各部門和所有企事業單位的審計監督工作。
2、機構內設定不同：財政局機構內設定相對單一，主要以財政方面工作為主。審計局機構內設定相對複雜，一般設有辦公室、財政金融審計科、行政事業審計科、經貿審計科、固定資產投資審計科、農業資源與環境審計科、幹審科、幹部經濟責任審計辦公室、內審協會等科室。
3、機構編制不同：地方各級審計局均為行政單位，國家公務員編制。地方各級財政一般為事業編制和行政編制相結合。
4、職責範圍不同：財政局主要負責貫徹執行國家的財政稅收方針、政策，財務會計方面的法令、條例及其它有關政策。制定地方財政發展規劃，制定年度預算和編制年度決算，執行地方人大批准的年度預算，綜合平衡地方財力。審計局有關法規賦予審計機關的審計監督許可權比較廣泛，要求報送資料、檢查權、行政強制措施權、提請協助權等。擴充套件資料：審計程式包括制定審計專案計劃、審計準備、審計實施和審計終結四個環節。1、制定計劃，審計機關應根據國家形勢和審計工作實際，對一定時期的審計工作目標任務、內容重點、保證措施等進行事前安排，作出審計專案計劃。2、審計準備，根據審計專案計劃確定的審計事項組成審計組，並應當在實施審計三日前，向被審計單位送達審計通知書；遇有特殊情況，經本級人民政府批准，審計機關可以直接持審計通知書實施審計。上級審計機關對統一組織的審計專案應當編制審計工作方案，每個審計組實施審計前應當進行審前調查，編制具體的審計實施方案。
1、部門職能不同：財政局負責地方的財政工作，貫徹執行財務制度，按照政策組織財政收入，保證財政支出，管好用活地方的財政資金，促進工農業生產發展和各項事業發展。審計局主要負責地方政府各部門和所有企事業單位的審計監督工作。
2、機構內設定不同：財政局機構內設定相對單一，主要以財政方面工作為主。審計局機構內設定相對複雜，一般設有辦公室、財政金融審計科、行政事業審計科、經貿審計科、固定資產投資審計科、農業資源與環境審計科、幹審科、幹部經濟責任審計辦公室、內審協會等科室。
3、機構編制不同：地方各級審計局均為行政單位，國家公務員編制。地方各級財政一般為事業編制和行政編制相結合。
4、職責範圍不同：財政局主要負責貫徹執行國家的財政稅收方針、政策，財務會計方面的法令、條例及其它有關政策。制定地方財政發展規劃，制定年度預算和編制年度決算，執行地方人大批准的年度預算，綜合平衡地方財力。審計局有關法規賦予審計機關的審計監督許可權比較廣泛，要求報送資料、檢查權、行政強制措施權、提請協助權等。擴充套件資料：審計程式包括制定審計專案計劃、審計準備、審計實施和審計終結四個環節。1、制定計劃，審計機關應根據國家形勢和審計工作實際，對一定時期的審計工作目標任務、內容重點、保證措施等進行事前安排，作出審計專案計劃。2、審計準備，根據審計專案計劃確定的審計事項組成審計組，並應當在實施審計三日前，向被審計單位送達審計通知書；遇有特殊情況，經本級人民政府批准，審計機關可以直接持審計通知書實施審計。上級審計機關對統一組織的審計專案應當編制審計工作方案，每個審計組實施審計前應當進行審前調查，編制具體的審計實施方案。