人體內約有50萬億細胞, 如果這個數字讓你吃驚的話, 那麼寄生在人體的微生物總量會讓你下巴大跌: 據不完全估計,這個數量應該是人體細胞數量的10倍以上，至少有500萬億以上。這些微生物的基因總和約是人體基因量的200倍之多 － 而人體基因組的基因數量約2萬多。微生物細胞(不包括病毒)通常較小,僅是人體細胞大小的十分之一到百分之一，但由於數量巨大, 其總重量可佔成年體重的5磅之多。

這些微生物不僅數量巨大，而且種類巨多，從病毒、細菌，一直到真菌和真核生物(如導致瘧疾的瘧原蟲)。所有這些微生物組合在一起，構成人體微生物群系(Human Microbiome)，是現代生物醫學研究的一個重要領域。

很多人談菌色變，總認為細菌總給人體帶來災難，是不好的東西。其實99%的微生物是無害甚至有益的，只有不到1%是有害的，而有害的細菌中能夠真正致病的又是極少數。多數寄生在我們身體表面和體內的微生物是人體賴以生存的必需品，和人體是共生的關係。這些細菌可以幫助我們消化食物，產生某些人體必需的維生素，幫助調節我們的免疫系統，使我們保持健康免受致病細菌的侵害。

很多人不知道，人體內、外存在大量的微生物，其數量遠遠超過人體細胞的數量。人體內的微生物常見的有細菌、病毒、病原體及真菌等。其中細菌按不同分類，可以有革蘭氏陰性菌、革蘭氏陽性菌；需氧菌、厭氧菌；有益菌、有害菌、機會致病菌等等。而且人體內龐大的微生物形成菌群，個細菌種類數量及致病性等達成平衡，對身體健康起到至關重要的作用。

人體內微生物常見的有三大群（不包括面板表層的微生物）：

一、鼻、口腔微生物群

鼻、口腔內的細菌與感冒、口腔疾病、齲齒、甚至帶狀皰疹、腎炎等都可能存在一定的關係。

口腔微生物包括細菌，真菌和病毒,其中細菌為最主要的型別。口腔的常見細菌包括：革蘭陽性菌屬、如葡萄球菌和微球菌,乳桿菌屬、放線菌、羅氏菌屬、絲桿菌屬、雙歧桿菌、丙酸菌屬等；革蘭陰性菌如韋永菌、奈瑟菌屬，類桿菌屬、梭狀桿菌屬、纖毛菌屬、沃廉菌屬、彎曲桿菌屬等；其他微生物還包括螺旋體屬，支原體，真菌，病毒，原蟲等。

二、消化道微生物群

消化道內微生物與人體的生理功能調控、營養物質吸收及肥胖甚至糖尿病等都有一定的關係。消化道中許多微生物是有益的，它們幫助人體處理複雜的化合物，還可以生成氨基酸和維生素。

胃內的幽門螺桿菌是形成胃炎及消化道潰瘍的元兇之一。

三、生殖道微生物群

生殖道微生物主要存在與陰道內，主要包括革蘭氏陽性菌，如乳桿菌、棒狀桿菌、腸球菌、葡萄球菌等；革蘭氏陰性菌，如加德納菌、大腸埃希菌等；專性厭氧菌，如消化球菌、類桿菌、動彎桿菌等等；此外，也可能存在支原體及假絲酵母菌等。