以下是個人觀點:

在紅與黑的碰撞中，因為CIA的臥底基爾被FBI看押在醫院。黑色組織就想辦法找出基爾的位置，於是組織中拍出楠田陸道這個基層人員假扮病人在醫院偵查。柯南和赤井發現了這個眼線，但他開槍自殺了。

基爾迴歸組織後引起了琴酒的懷疑，就讓基爾約出赤井並在頭部給出致命一擊(琴酒透過攝像頭指揮)。之後基爾燒了車子，屍體也燒的不能辨認身份。其實燒的是楠田陸道的屍體(致命傷也在頭部)。

同時柯南的手機上有楠田陸道的指紋，但沒有赤井的指紋。柯南將手機交給警方，讓所有人認為車上燒死的是赤井。而赤井則在工藤有希子(柯南的媽媽)幫助下化妝成衝矢昴，生活在工藤新一的家裡，保護著灰原哀。

秀一在“紅與黑的碰撞”系列中，秀一與柯南合作，策劃了將臥底於黑衣組織的CIA諜報員水無憐奈送回組織，以及幫水無騙取琴酒信任的“殉職”計劃。他在手指上塗了透明塗層，利用柯南留有楠田陸道指紋的手機制造假象。將水無送回組織後，琴酒懷疑她的忠誠，要求她叫秀一獨自駕車到來葉山路，並殺死秀一。到達葉山道之後，在琴酒的監視下，赤井被水無槍擊頭部，與雪佛蘭車一同被炸為灰燼，其燒焦的屍體實為另外一個頭部有傷的人的屍體。

在柯南媽媽幫助下化妝為充矢昴（讀mao,不是“昂”），除了假裝自己死了，還有另外一個重要任務就是保護灰原哀。

在租住的房子燒燬後，暫住工藤新一家裡，家裡有很多監視監聽裝置，包括對哀醬、毛利家電腦手機的裝置的監控與保護。

後來在“神秘火車”事件中，安室透透過秀一的妹妹世良確認秀一已經死亡，但後來又存疑，安室透繼續回到毛利樓下的咖啡廳打工繼續獲取情報。

經過對FBI身份的一系列試探，安室透拜訪工藤宅，而此時的衝矢昴始終戴著口罩。面對“口罩昴”，安室公佈了他對“赤井假死”過程的推理，並稱衝矢昴就是赤井秀一。安室為了證實自己的判斷強行扯開“口罩昴”衣領，卻未能發現任何線索，並在得知與此同時赤井秀一在來衣領現身後大為吃驚。安室透撤退後，“口罩昴”揭下易容，證實是工藤優作假扮。後來秀一學會易容技巧，工藤有希子表示以後不用每個星期從美國飛過來幫他易容了。

另外，世良也多次在柯南、小蘭、甚至在安室透面前說過自己有個死去的哥哥，後來有次說死去的哥哥就是赤井秀一。

水無憐奈仍然臥底在組織，也給赤井秀一提供了不少情報，給他打了不少掩護。

水無憐奈向他開槍的時候，故意側身，因為琴酒的監視攝像頭在她的脖子上，側身就是側開直接射中赤井秀一的畫面不讓琴酒看到，就這樣赤井秀一逃過一劫。