有人說對於心學，張居正讀懂了，海瑞則沒有讀懂。因為掌握了陽明心學的處事之法，成了明朝中興的大能臣，把一個岌岌可危的爛攤子，針對下藥，實行改革，把大明江山收拾得井井有條，政令暢通，國庫充盈，國泰民安。可惜的是張居正為官鞠躬盡瘁一輩子，卻因獨斷專行，發展到居功自傲，驕奢貪財。張居正是萬曆的老師，希望萬曆成為一代明君，所以對萬曆要求很嚴，很強勢。張居正對自己卻沒有嚴格要求自己，這就深深得罪了萬曆皇帝。所以在他死後，萬曆皇帝立刻翻臉不認人，說他：‘‘專權亂政‘，’謀國不忠’’，甚至欲‘‘斷棺戮屍’’而後快。許多被張居正的‘’一條鞭法’’、"考成法"整治過的貪官昏官乘機造謠誣陷，提出許多不實罪名，以迎合萬曆皇帝報復之心。由此引發冤案，禍及親信家屬子弟，慘不忍睹。其實"謀國不忠"是沒有的。所謂伴君如伴虎，就是這個樣子。張居正驕奢貪財，卻要求萬曆節儉廉明，萬曆至高無上的地位，卻被久久壓抑的感受，令他惱火，這恐怕是萬曆產生報復心理的源泉。張居正的去世，他感到壓力驟然消失，怒火就猛烈的爆發出來了。

張居正遭清算有複雜的原因，既有在改革中受損害的貴族集團的反攻、報復，也有皇帝長久受壓鬱的積憤，這方面網友們已說得很多了，我不多說了，但這僅僅是外因，若僅因長期無權感到憤恨，那麼人死了，怨恨也息了。例如諸葛亮當權，劉後主實際上也很抑鬱的，自稱"政由葛氏，祭則寡人"，亮死後也遲遲不為他立廟，並罷了丞相一職，但也到此為止，沒有對諸葛亮大動干戈。即使以鰲拜之驕橫拔扈，康熙僅將其削職，並未處死。

張居正死後遭清算，有其自身原因:一.他一再勸萬曆節用愛民，不要奢侈浪費，自己生活卻極為豪華，坐的轎子竟要三十二個人抬，吃用之考究，那是不用說了:二.對眾大臣要求嚴格，推行考成法，自己卻貪戀權位，父親死了也不回去守喪，影響很壞;三.改革中打擊了一批貪汙臣屬權貴，自己卻收賄多多，一次送給總管太監馮保的金銀就達十餘萬兩!四.清丈土地，實行一條鞭法，固然為國家增加了收入，卻在某些方面也加重了農民負擔，因為他規定農民要用白銀納稅，而農家銀兩很少，要以銅錢去換，銀價騰貴造成民怨。因此改革不但得罪了許多權貴，還使相當一部份人民受損。

最令萬曆動心的是他認為張居正生活豪富，家中一定多金，這才下決心抄了他在湖北的家，果然抄出了白銀"數百槓"，一槓以萬兩計，該有多少?而諸葛亮死後家裡沒有多少財產，二相比較，張居正被清算也並不太冤。

抄家後，萬曆並未做絕，給了張母十頃田養老。

最大的問題是張居正是萬曆沒當皇帝前開始當老師的 最多也就是世子或太子的老師 但是萬曆登基以後 這就不一樣了 他代表皇權 你永遠是臣 就算你是帝師也一樣是臣 不能凌駕皇權 看看張居正的老師徐階是怎麼做的裕王老師，做當朝首輔的 政治差距還是明顯的 其實張居正最應該是回家丁憂三年 這樣萬曆也瘋了三年 覺得自己能力不夠肯定接著重用自己的老師