改土歸流是指改土司製為流官制。

土司制起於唐宋，確立於元，完善於明，衰落於清，消亡於民國。是中原王朝在鞭長莫及的情況下，採用的一種“以土官治土民”的統治方式。

具體來說，就是朝廷根據各部落首領的勢力大小，對其賜土封官，比如贈封以宣慰使、宣撫使、安撫使、招討使、千戶、百戶等，承認其世襲地位，來實現對該地區的間接統治。

土司制對少數民族地區社會經濟的發展、邊疆的穩定起到了一定的積極作用，但也帶來了一系列問題。有些土司憑藉“山高皇帝遠”的優勢，根本不把朝廷的詔敕放在眼裡，當起了土皇帝，恣肆虐殺百姓，為患邊境，“漢民被其摧殘，夷人受其荼毒。”有些土司直接對抗中央，拒不納賦，公開叛亂。土司之間的相互攻略、土司家族內部的互相殘殺也時有發生。隨著社會生產力的不斷髮展，民族的融合，土司制越來越不適應社會的需要。

為解決土司制的積弊，明清兩朝逐步在一些少數民族地區實行廢除土司制度，設立府﹑廳﹑州﹑縣，派遣有一定任期的流官進行管理的政治改革。史稱改土歸流。

改土歸流，採用的辦法主要有兩種：

一種是強制性改革。比如清雍正年間，就進行了大規模的改土歸流，廢除了雲南，貴州，廣西，四川，湖南各地的許多土司，改成和全國一致的州縣制度。

另一種是乘勢而改。比如對絕嗣或宗族爭襲的、互相仇殺被平定的、犯罪或反朝廷被鎮壓的、主動申請“改土歸流”的，均派流官接任。

改土歸流有利於加強中央政府對少數民族聚居地區的統治，但如同大家熟知的削藩一樣，改土歸流，是一種權力的再分配，執行起來很難。

光緒二十二年（1896年），瞻對（今四川新龍）土司叛亂，清政府平叛收回瞻對後，實行改土歸流，但達賴喇叭堅決不同意，只好不再實行改土歸流。

清末，趙爾豐任駐藏辦事大臣兼川滇邊務大臣，在巴塘、裡塘等地進行改土歸流時，使用的是武力與和平雙管齊下的手段。

直到清帝退位，土司制也沒有消亡。

清朝初期，吳三桂統治時期，此時的雲南實際已成國中之國，他積極開採礦山，鑄造銅錢，發展與西藏高原的貿易。隨著開發的不斷進行，經濟獲得了較大的發展，大量漢人從內地湧入，造成他們與當地人之間的矛盾頻發，同時犯了罪的漢人也會逃奔土司。

發展到雍正八年(1730年)，由於各種各樣的剝削以及與漢人之間的糾紛，雲、貴的當地人發動了叛亂。雲、貴、廣西三省總督鄂爾泰出兵平定，以武力廢除了原來的土司，拓展了中央派遣地方官的統治體制。

這一政策就被稱作”改土歸流”，意為改革土司，歸於數年一換的流官統治。政策的積極方面，限制和逐步消除了土司的割據勢力，加強了中央政府對西南少數民族地區的控制，有利於當地的經濟發展和社會進步，密切了各族人民之間的經濟、文化交流，鞏固了多民族國家的統一。同時消極作用也很晚顯，平叛過程中存在不同程度的殘酷屠戮，也給少數民族人民帶來了災難。