雍正設立軍機處，其實有多層用意。

最近，美國學者白彬菊的著作《君主與大臣：清中期的軍機處》主要研究的就是清代軍機處從建立到最後沒落的整個歷史過程。按照白彬菊的研究，我們現在所認為的清代軍機處並不是在雍正時期所設立的，而是在乾隆二年。雍正時期所設立的機構是一個軍需機構，負責的官員叫辦理軍需大臣，這個機構後來被簡稱為軍機處，其實就相當於雍正設立的一個特別小組。

白彬菊著作《君主與大臣》

後來雍正去世，這個小組本來應該解散，但是乾隆沒有讓它解散，讓它繼續存在，從而成為了後來的軍機處。

那麼，雍正為什麼要成立一個特別小組呢？這還要從雍正即為時候說起，公元1723年雍正即位，十三阿哥也就是怡親王允祥總理戶部。可是，雍正發現，之前清朝的機構已經紛繁複雜，利益糾葛嚴重。康熙晚年，因為強調以寬容治國，所以國內腐敗橫行，官員之間利益網錯綜複雜。再加上雍正即位之後，很多官員不服雍正的統治，導致矛盾重重。

雍正上臺之後，西北戰事吃緊，雍正曾派年羹堯到青海剿滅叛亂軍隊。因此，雍正決定，設立一個特別的小組，使前線的奏報不必經過常規的官僚機構，直接交給雍正。

軍機處設立之後，首先是奏摺制度發生了改變。雍正十三年間，奏摺如雪片一般到了雍正手裡，而且這些奏摺私密性非常強，每個人都是單獨奏報皇帝。這導致官員之間開始有所防範，因為誰知道自己會被誰出賣，給皇帝打小報告，所以從某種程度上拆解了官員之間的利益鏈。

此外，軍機處之所以能夠延續，還有一個原因就是雍正手下有得力的人才，比如允祥、張廷玉等人。允祥去世之後，張廷玉、鄂爾泰成為了雍正的核心人物。他們不斷調和滿漢之間的矛盾，也不斷讓軍機處發揮更大的作用。所以，軍機處才可以凌駕於其他機構之外，成為了清朝的一個決策機構。

南書房本來是康熙帝自己的書房，康熙十六年（1677年）十月，文臣開始在那裡供職。但是南書房並不是一個行政機構，一切供應，如筆墨紙硯、太監勤雜等均出自內務府。其最主要的職責還是以文墨為主，供職南書房的大臣主要是寫詩作文，編輯校對文集書籍。儘管南書房官員也是干預政事，但是涉入不深，也沒有定製。此時重要的中樞機構還是議政處和內閣。

等到雍正即位，為了鞏固皇權，保證軍國大權高度集中到自己手中，在雍正八年對中樞機構進行了重大改革，設立了軍機處。儘管軍機處的出現最早是出於西北用兵的需要，便於快速決策和加強保密。但是最終的目的則是取代議政處。

議政處是清代前期重要的中樞決策機構，八旗每旗派三人任議政大臣，參議國家大政。這種滿洲貴族共同參政的組織形式對皇權形成了制約。尤其是到了雍正朝，雍正經過了激烈的奪嫡之爭才登上龍椅，登基後處處受到了失敗了王爺的掣肘。所以為了加強皇權，設立了軍機處。