真相沒有出來之前很難判定黑衣組織所屬的類別，雖然黑衣組織一直是以反派的角色出現，但是誰又知道最後會不會來個真相大逆轉麼？畢竟從故事本身看如果黑衣組織真是反派的話，光靠新一一夥很難與之抗衡，那麼故事要如何來收尾呢？我覺得最後的結局可能會是大反轉，畢竟類似的套路用過不少，至於黑衣組織為什麼要把新一變成小孩？我反而覺得是在保護他，畢竟年少成名還是個偵探，早就被人惦記了。

所以回到問題本身，黑衣組織殺小蘭我覺得不存在的，也許這個計劃本身除了柯南不知道，其他人其實早就明白，所以才會出現“沉睡的小五郎”幫他破案（明面的擋箭牌，而且還是退役警察）才會有小哀出現（貼身保護），光看眾人在他破案時給與的各種各樣方便，我就覺得新一被人耍了

目前《柯南》當中一個毫無意義的設定就是“柯南不能告訴小蘭身份”。

知道柯南身份的，最初你說只有博士、小哀、新一父母也就罷了。但後來像是什麼怪盜基德、平次、秀一等等，知道柯南身份的人海了去了。在這樣的情況下，也沒看到平次因為知曉了這件事情就被黑衣組織滅口，怪盜基德依然拉風地到處偷東西。那麼憑什麼說小蘭就會有危險呢？

更何況，目前《柯南》的格局完全就是紅方碾壓黑方的局面，組織裡不是廢物就是臥底，紅方光是柯南都擁有著超人的能力，動輒在劇場版裡展現不輸給漫威英雄的本領。而且自己還大大方方地在1000話的時候變回新一去，也沒見他擔憂過這麼做會讓小蘭遇到危險。

再說了，如果小蘭知曉了黑衣組織的真相，那麼恐怕琴酒的噩夢就要來了。來看看外傳當中，小黑眼中的小蘭到底是怎樣的戰鬥力吧……

如果按題主的這種想法，那黑衣組織肯定不會放過小蘭，甚至是毛利小五郎和阿笠博士都在所難免。從黑衣組織的角度來想，大概是這樣，工藤新一之前潛伏在毛利家裡很久，說不定會留下有關的資訊，為了避免資訊洩露出去，必須要幹掉相關的人物，阿笠博士也同樣如此，黑衣組織肯定會做到寧可殺錯也不會放過一個可疑的人，更何況當初琴酒懷疑毛利小五郎的時候，僅僅只是懷疑就想動手要了小五郎的命。

所以，柯南身份萬萬不能暴露，尤其是暴露給琴酒，後果是非常嚴重的。

另外提到看到其它答友提到“柯南不能告訴小蘭身份”的設定，順便在這裡說一下我自己的看法。

我認為這設定並不是沒用的，首先是這個設定下，柯南能很合理的寄宿在毛利家裡，與毛利一家人相處不會尷尬，而柯南最初的設想也是想透過毛利小五郎的偵探身份打聽到黑衣組織的資訊。

其次就是柯南不告訴小蘭，一方面不想讓她捲進這場危險，其它知道柯南身份的人，都是非常可靠的人物，絕對不會把這個資訊說出去，但小蘭則不一樣，新一對她來說太過重要，重要到經常掛在嘴邊，難免會說出去，就算不說出去，萬一想幫助新一，讓小五郎幫忙調查這個事，反而會出現幫倒忙的情況，所以把真相告知小蘭是個隱患。