2003年當NBA第二輪選秀工作進行時，丹尼爾斯等待著他的名字被宣讀。小牛隊主帥唐·尼爾森（Don Nelson）原本打算使用他們的二輪籤簽下在觀看約什·霍華德（Josh Howard）比賽錄影時意外發現的丹尼爾斯。然而他的兒子唐尼·尼爾森（Donnie Nelson）卻說服他將選秀權交易給丹佛掘金隊，並向他保證說總會有方法得到丹尼爾斯。隨後丹尼爾斯的經紀人接到無數通電話—其中包括當時執教奧蘭多魔術隊的道格·裡弗斯（Doc Rivers）。後來有報道說丹尼爾斯經紀人與小牛隊達成君子協定，如果丹尼爾斯沒有被選中的話，小牛將簽下他。

在夏季聯賽中給出讓人印象深刻的表現後，丹尼爾斯與小牛隊簽下一年底薪合同。

新秀賽季的丹尼爾斯主要被置於第三陣容，只有在球隊勝券在握的時候才得到上場機會。然而雖然上場的時間非常短暫，他還是展示出驚人天賦。當史蒂夫·納什（Steve Nash）因為腹部不適無法上場時，主帥尼爾森示意讓丹尼爾斯擔任先發控球后衛，這名新秀交出了接近三雙的成績單：14分9個籃板9次助攻；隨後在輸給明尼蘇達森林狼隊的那場賽事中再次貢獻16分7個籃板8次助攻。

儘管他作為先發身份的時間被縮短，尼爾森卻逐漸厭煩了不盡人意的戰績。在三連敗之後決定用回經典的小球陣容並以119-88擊敗奧蘭多魔術隊（Orlando Magic）。這個陣容的中鋒是6尺9寸的安東尼·沃克（Antoine Walker），而丹尼爾斯在控球后衛與得分後衛兩個位置上轉換。他一直保持在這個先發陣容中直至季後賽之行結束。丹尼爾斯在那10場賽事中場均19.7分6個籃板5次助攻。隨後在2004年休賽期間，小牛隊與他續簽一份6年3800萬的合約。

2006年7月6日，馬奎斯·丹尼爾斯被交易到印第安納步行者隊換取奧斯丁·克羅希爾（Austin Croshere）。 2009年步行者隊不願對丹尼爾斯執行730萬美元的球隊選項，隨後他成為自由球員（free agent）。

2009年9月1日丹尼爾斯與波士頓凱爾特人簽約。 由於手指的傷勢，丹尼爾斯該賽季在波士頓的發揮並不理想。然而2010年休賽期間，凱爾特人還是與他續簽一份1年250萬美元的合約。

2011年2月7日，在凱爾特人主場對陣魔術的比賽中，丹尼爾斯在第二節面對對方後衛吉爾伯特·阿里納斯做突破時與後者相撞，頭部先著地，隨後被擔架抬出場外送往醫院，之後被確診為脊髓瘀傷。

2011年2月24日，交易截止前夕，凱爾特人隊將丹尼爾斯交易到國王隊換取部分現金。

2011年12月9日，凱爾特人隊用1年合同重新籤回丹尼爾斯。

2012年9月26日，密爾沃基雄鹿隊用1年老將底薪簽下馬奎斯·丹尼爾斯。